PDB-3m7j: Crystal structure of the bacteriocin LLPA from pseudomonas sp. in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m7j

タイトル

Crystal structure of the bacteriocin LLPA from pseudomonas sp. in complex with Met-mannose

要素

Putidacin L1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / monocot mannose-binding lectin / bacteriocin / LLPA / Pseudomonas / bacterial toxin / SIRAS / protein-sugar complex / mannose

機能・相同性

機能・相同性情報

Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Loris, R. / Garcia-Pino, A.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants for Activity and Specificity of the Bacterial Toxin LlpA
著者: Ghequire, M.G. / Garcia-Pino, A. / Lebbe, E.K. / Spaepen, S. / Loris, R. / De Mot, R.

履歴

登録	2010年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m7j.cif.gz	208.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m7j.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m7j_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m7j_full_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示
XML形式データ	3m7j_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	3m7j_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/3m7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/3m7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m7hSC 4gc1C 4gc2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gc2-1 4gc1-2 3m7h-2 4gc2-2 3m7h-1 5eji-d 2i2f-d 1kyu-d 4gc1-1 2qsq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putidacin L1

B: Putidacin L1

ヘテロ分子

60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putidacin L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putidacin L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.973, 153.201, 33.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Putidacin L1 / bacteriocin LLPA

分子量: 29993.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: BW11M1 / 遺伝子: llpa / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GEJ9

#2: 糖

ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₇H₁₄O₆

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M imidazole, 1.3M sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8073 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月10日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8073 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→19.645 Å / Num. all: 33688 / Num. obs: 33688 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 34.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / R_sym value: 0.124 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.26→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3360 / R_sym value: 0.542 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M7H

3m7h

解像度: 2.26→19.644 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.847 / SU ML: 1.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2126	2466	7.74 %	RANDOM
R_work	0.1748	29414	-	-
all	0.1748	0	-	-
obs	0.1778	31880	85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.697 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.43 Å² / B_iso mean: 44.515 Å² / B_iso min: 17.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.113 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-12.626 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.513 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→19.644 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4030	0	26	113	4169

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4167
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	5709
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.769	1413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	620
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.3034	0.2952	119	0.2375	1472	X-RAY DIFFRACTION	80
2.3034-2.3504	0.2866	132	0.2468	1537	X-RAY DIFFRACTION	82
2.3504-2.4014	0.3048	142	0.2259	1549	X-RAY DIFFRACTION	81
2.4014-2.4572	0.2637	121	0.2216	1526	X-RAY DIFFRACTION	80
2.4572-2.5185	0.2867	142	0.2187	1551	X-RAY DIFFRACTION	84
2.5185-2.5864	0.2715	112	0.2111	1656	X-RAY DIFFRACTION	86
2.5864-2.6624	0.2356	129	0.2024	1598	X-RAY DIFFRACTION	84
2.6624-2.7481	0.2123	121	0.2024	1629	X-RAY DIFFRACTION	86
2.7481-2.846	0.2337	148	0.2061	1673	X-RAY DIFFRACTION	86
2.846-2.9596	0.2433	142	0.1942	1643	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9596-3.0938	0.2432	143	0.1934	1710	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0938-3.2562	0.2048	138	0.1885	1654	X-RAY DIFFRACTION	88
3.2562-3.4592	0.2251	151	0.1683	1699	X-RAY DIFFRACTION	88
3.4592-3.7246	0.1686	146	0.1512	1709	X-RAY DIFFRACTION	88
3.7246-4.0964	0.1784	136	0.143	1679	X-RAY DIFFRACTION	87
4.0964-4.6821	0.1589	131	0.1199	1711	X-RAY DIFFRACTION	86
4.6821-5.8727	0.1858	153	0.1495	1691	X-RAY DIFFRACTION	85
5.8727-19.645	0.1905	160	0.1673	1727	X-RAY DIFFRACTION	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7716	0.9999	0.4139	3.0893	0.7264	0.6925	0.2141	-0.0741	-0.1831	0.5969	-0.1964	-0.0146	0.2926	0.1322	-0.0053	0.3173	-0.0137	0.0136	0.1839	0.0716	0.1842	48.5258	7.2158	8.6378
2	-0.1707	-0.4326	-0.2687	1.7455	-0.0369	1.0492	0.0665	0.0115	-0.026	0.0477	-0.1407	0.5007	-0.1179	0.032	0.0609	0.1868	-0.0406	0.0089	0.2022	-0.0081	0.3134	38.4315	30.9802	-1.6545
3	1.7058	-0.4527	-0.6023	0.7423	-0.1511	2.1403	0.1251	0.3722	-0.139	-0.1439	0.2842	0.2638	0.012	-1.0733	-0.3581	0.1627	0.0435	0.0125	0.7077	0.2543	0.333	0.0012	-16.0142	4.2702
4	1.0797	0.6205	-0.0979	0.9179	-0.9418	0.8778	0.042	-0.0495	0.1495	-0.1911	0.1023	-0.1312	-0.114	-0.0804	-0.0741	0.2557	0.0409	0.048	0.2185	-0.0047	0.1915	27.3234	-12.8871	3.3678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:127)	A	4 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 146:275)	A	146 - 275
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 4:127)	B	4 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 146:275)	B	146 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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