PDB-3m7h: Crystal structure of the bacteriocin LLPA from Pseudomonas sp.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m7h

タイトル

Crystal structure of the bacteriocin LLPA from Pseudomonas sp.

要素

Putidacin L1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / monocot mannose-binding lectin / bacteriocin / LLPA / Pseudomonas / bacterial toxin / SIRAS

機能・相同性

Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta / Lectin-like bacteriocin

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A. / Loris, R.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural Determinants for Activity and Specificity of the Bacterial Toxin LlpA
著者: Ghequire, M.G. / Garcia-Pino, A. / Lebbe, E.K. / Spaepen, S. / Loris, R. / De Mot, R.

履歴

登録	2010年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m7h.cif.gz	209 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m7h.ent.gz	169.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m7h_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m7h_full_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示
XML形式データ	3m7h_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	3m7h_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/3m7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/3m7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m7jC 4gc1C 4gc2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gc2-1 3m7j-2 4gc1-1 4gc2-2 1f1z-2 3p7x-3 1f1z-1 4uav-d 4gc1-2 3m7j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putidacin L1

B: Putidacin L1

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putidacin L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putidacin L1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.495, 154.492, 34.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-324- HOH

#1: タンパク質	Putidacin L1 / bacteriocin LLPA 分子量: 29993.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: BW11M1 / 遺伝子: llpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GEJ9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M imidazole, 1.3M sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8073 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8073 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 41385 / Num. obs: 41385 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 35.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.582 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→14.979 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.847 / SU ML: 1.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2043	3003	7.74 %	RANDOM
R_work	0.1725	35819	-	-
all	0.175	41385	-	-
obs	0.175	38822	93.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.955 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.55 Å² / B_iso mean: 47.053 Å² / B_iso min: 18.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.338 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-11.287 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.051 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4054	0	0	171	4225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4166
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.049	5706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.722	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	623
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.236	0.3188	123	0.2598	1501	X-RAY DIFFRACTION	83
2.236-2.2744	0.3015	146	0.246	1530	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2744-2.3156	0.2734	126	0.2207	1502	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3156-2.36	0.2794	148	0.2288	1532	X-RAY DIFFRACTION	88
2.36-2.408	0.2976	130	0.229	1610	X-RAY DIFFRACTION	88
2.408-2.4601	0.2847	135	0.2291	1616	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4601-2.5171	0.2602	129	0.2118	1593	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5171-2.5797	0.2394	139	0.2082	1663	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5797-2.6491	0.2686	144	0.2045	1694	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6491-2.7266	0.2437	172	0.1991	1643	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7266-2.814	0.236	149	0.2099	1709	X-RAY DIFFRACTION	94
2.814-2.9139	0.2859	120	0.2034	1753	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9139-3.0296	0.2336	134	0.1916	1757	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0296-3.1663	0.2377	137	0.2098	1802	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1663-3.3315	0.199	140	0.1823	1769	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3315-3.5377	0.1925	139	0.1639	1820	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5377-3.8066	0.1856	155	0.1486	1830	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8066-4.1821	0.1569	157	0.1337	1812	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1821-4.7701	0.1389	168	0.1144	1830	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7701-5.9466	0.1511	145	0.1406	1903	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9466-14.9789	0.1726	167	0.1506	1950	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5902	0.7337	0.1562	3.6621	0.4966	1.1452	0.0827	-0.0269	-0.1858	0.5182	-0.1495	0.0517	0.3865	0.2144	0.0407	0.3826	0.0268	0.0563	0.2584	0.0998	0.2408	49.0958	6.9135	8.5251
2	0.1289	-0.6102	-0.237	1.8033	0.0727	0.8305	0.0033	0.0661	-0.0147	-0.0547	-0.0807	0.4686	-0.0958	0.0119	0.0379	0.1483	-0.0377	0.0048	0.169	-0.0049	0.2758	38.8001	31.2408	-1.6306
3	0.5747	-0.6549	-0.0048	1.138	-0.1794	2.6974	0.1065	0.5504	-0.0333	-0.1752	0.2443	0.1445	-0.0008	-1.3205	-0.2715	0.197	0.059	0.0554	0.8894	0.2622	0.3332	-0.0253	-16.0562	4.4421
4	1.0953	0.433	-0.1381	1.0712	-1.0773	1.1221	0.0759	-0.0142	0.1737	-0.1669	0.0746	-0.1546	-0.1549	-0.1188	-0.0441	0.2511	0.0637	0.0767	0.2059	0.0101	0.1892	27.567	-12.9798	3.3805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:127)	A	4 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 146:275)	A	146 - 275
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 4:127)	B	4 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 146:275)	B	146 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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