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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m77 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Plant SLAC1 homolog TehA | ||||||
要素 | Tellurite resistance protein tehA homolog | ||||||
キーワード | Structural Genomics / Unknown function / anion channel / alpha helical integral membrane protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / Plant SLAC-1 Homolog | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monoatomic cation efflux transmembrane transporter activity / response to tellurium ion / response to antibiotic / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y.-H. / Hendrickson, W.A. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Plant SLAC1 homolog TehA 著者: Chen, Y.-H. / Hendrickson, W.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m77.cif.gz | 142.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m77.ent.gz | 113.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m77.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3m77_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3m77_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3m77_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3m77_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/3m77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/3m77 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35234.492 Da / 分子数: 1 / 変異: F262A, G15D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: KW20 / 遺伝子: HI0511, Rd, tehA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P44741 | ||
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#2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7.8 詳細: 28% PEG600, 50mM Hepe-Na pH 7.8, 1mM ZnSO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 74619 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.962 / % possible all: 87.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.884 / SU ML: 0.03 / SU R Cruickshank DPI: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.642 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.8289 Å / Origin y: -28.1275 Å / Origin z: -6.6575 Å
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