PDB-3m6w: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m6w

タイトル

Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus in space group P21212 in complex with S-Adenosyl-L-Methionine

要素

rRNA methylase

キーワード

TRANSFERASE / rRNA methyltransferase / 5-methylcytidine / RsmF / AdoMet / multi-specific / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

16S rRNA (cytosine1407-C5)-methyltransferase / RNA methyltransferase activity / RNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / rRNA processing / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Demirci, H. / Larsen, H.G.L. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus.
著者: Demirci, H. / Larsen, L.H. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G.

履歴

登録	2010年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m6w.cif.gz	210.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m6w.ent.gz	163.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m6w_validation.pdf.gz	715.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m6w_full_validation.pdf.gz	716.9 KB	表示
XML形式データ	3m6w_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	3m6w_validation.cif.gz	44.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m6uSC 3m6vC 3m6xC 2frx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m6x-d 3m6v-2 3m6u-1 1fs0-d 2nr9-2 3m6v-1 2v64-3 6hrr-d 4u2x-1 6t3y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: rRNA methylase

ヘテロ分子

51.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: rRNA methylase

ヘテロ分子

A: rRNA methylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.661, 109.047, 50.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-827- HOH

#1: タンパク質	rRNA methylase 分子量: 50922.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RsmF minus 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1387 / プラスミド: pLJ102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CP79 参照: UniProt: Q5SII2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 10% w/v PEG1000, 200 mM NaCl and 100 mM TRIS-HCl (pH8.5), microbatch under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月3日
詳細: Slits: Variable vertical and fixed horizontal slits. Mirror: Mirror system consisting of two vertically stacked, fused silica, spherical mirrors, to provide vertical focusing and harmonic ...

放射

モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m ...
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.2 % / Av σ(I) over netI: 24.3 / 数: 633624 / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.02 / D res high: 1.29 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 121660 / % possible obs: 95.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
2.78	30	97.3	1	0.038	1.041	5.6
2.21	2.78	100	1	0.056	1.001	6
1.93	2.21	100	1	0.073	1.09	5.9
1.75	1.93	100	1	0.095	1.103	5.9
1.63	1.75	100	1	0.123	1.032	5.8
1.53	1.63	100	1	0.16	1.025	5.8
1.45	1.53	100	1	0.223	0.995	5.6
1.39	1.45	99.8	1	0.298	0.945	4.9
1.34	1.39	92.5	1	0.33	0.869	3.2
1.29	1.34	66.3	1	0.356	0.816	2.1

反射

解像度: 1.29→30 Å / Num. obs: 121660 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.019 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.29-1.34	2.1	0.356	8355	0.816	1	66.3
1.34-1.39	3.2	0.33	11622	0.869	1	92.5
1.39-1.45	4.9	0.298	12590	0.945	1	99.8
1.45-1.53	5.6	0.223	12585	0.995	1	100
1.53-1.63	5.8	0.16	12613	1.025	1	100
1.63-1.75	5.8	0.123	12684	1.032	1	100
1.75-1.93	5.9	0.095	12678	1.103	1	100
1.93-2.21	5.9	0.073	12774	1.09	1	100
2.21-2.78	6	0.056	12841	1.001	1	100
2.78-30	5.6	0.038	12918	1.041	1	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M6U

3m6u

解像度: 1.3→29.597 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.893 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	6036	5.05 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.178	119490	96.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.211 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.79 Å² / B_iso mean: 19.302 Å² / B_iso min: 7.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.011 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.352 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.363 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.597 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3557	0	28	856	4441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3744
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.135	5104
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	674
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.786	1416

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.315	0.234	128	0.233	2512	2640	65
1.315-1.33	0.226	172	0.228	2960	3132	77
1.33-1.347	0.274	166	0.226	3286	3452	85
1.347-1.363	0.218	200	0.216	3565	3765	92
1.363-1.381	0.222	185	0.208	3746	3931	96
1.381-1.4	0.218	205	0.198	3823	4028	99
1.4-1.42	0.216	184	0.187	3875	4059	100
1.42-1.442	0.226	162	0.188	3915	4077	100
1.442-1.464	0.192	207	0.174	3870	4077	100
1.464-1.488	0.196	202	0.168	3874	4076	100
1.488-1.514	0.187	236	0.169	3822	4058	100
1.514-1.541	0.153	203	0.16	3919	4122	100
1.541-1.571	0.175	222	0.156	3807	4029	100
1.571-1.603	0.191	185	0.159	3936	4121	100
1.603-1.638	0.177	190	0.153	3899	4089	100
1.638-1.676	0.192	216	0.155	3863	4079	100
1.676-1.718	0.174	202	0.159	3879	4081	100
1.718-1.764	0.186	193	0.155	3933	4126	100
1.764-1.816	0.172	193	0.164	3878	4071	100
1.816-1.875	0.19	247	0.177	3890	4137	100
1.875-1.942	0.188	218	0.169	3857	4075	100
1.942-2.02	0.182	243	0.168	3867	4110	100
2.02-2.111	0.157	187	0.156	3939	4126	100
2.111-2.223	0.174	233	0.155	3880	4113	100
2.223-2.362	0.192	199	0.167	3918	4117	99
2.362-2.544	0.182	210	0.172	3943	4153	100
2.544-2.8	0.19	219	0.177	3949	4168	100
2.8-3.205	0.2	202	0.176	3992	4194	100
3.205-4.036	0.169	223	0.158	3931	4154	98
4.036-29.604	0.159	204	0.17	3926	4130	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.074	0.1425	0.0567	0.2944	0.1041	0.2408	0.0193	-0.037	-0.0242	0.0275	-0.0244	-0.0872	0.0297	0.0337	-0.0036	0.0111	-0.0011	-0.0015	0.0283	-0.0069	0.0547	-10.0127	-12.2621	26.4119
2	0.1985	-0.1242	0.0591	0.1817	0.1707	0.088	-0.0178	0.0088	0.0008	0.0075	-0.0023	0.0187	0.0018	0.0044	0.0182	0.0255	-0.0031	0.0067	0.0183	-0.0049	0.04	-23.2237	-19.2974	15.0585
3	0.1936	-0.0667	0.151	0.2157	0.2052	0.485	-0.0266	-0.003	0.0362	-0.0048	-0.0251	0.0091	-0.049	-0.0339	0.0452	0.0195	0.0013	0	0.0141	-0.0072	0.037	-25.1854	-4.7567	24.0904
4	0.2569	-0.2524	-0.2453	1.2136	-0.0172	0.4225	0.1083	0.2755	-0.1758	0.0554	-0.0834	0.2168	-0.0044	-0.147	0.0419	0.0397	0.0034	-0.0575	0.0918	-0.0919	0.1061	-37.3739	-31.7742	-6.6148
5	0.6006	-0.0701	0.0303	0.4	0.2474	0.2006	0.0268	0.1189	-0.1208	-0.0124	-0.0358	0.0541	0.0064	-0.0023	0.0056	0.028	0.0068	0.0034	0.0471	-0.0323	0.0416	-22.7736	-32.7674	-0.9096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 1:47	A	1 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resseq 48:179	A	48 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resseq 180:313	A	180 - 313
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resseq 314:343	A	314 - 343
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resseq 344:461	A	344 - 461

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