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- PDB-3m6w: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m6w | ||||||
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Title | Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus in space group P21212 in complex with S-Adenosyl-L-Methionine | ||||||
![]() | rRNA methylase | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Demirci, H. / Larsen, H.G.L. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus. Authors: Demirci, H. / Larsen, L.H. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 210.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 163.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3m6uSC ![]() 3m6vC ![]() 3m6xC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 50922.590 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: RsmF minus / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q5SII2, ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-SAM / ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-CL / ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.74 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / pH: 8.5 Details: 10% w/v PEG1000, 200 mM NaCl and 100 mM TRIS-HCl (pH8.5), microbatch under oil, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2008 Details: Slits: Variable vertical and fixed horizontal slits. Mirror: Mirror system consisting of two vertically stacked, fused silica, spherical mirrors, to provide vertical focusing and harmonic ...Details: Slits: Variable vertical and fixed horizontal slits. Mirror: Mirror system consisting of two vertically stacked, fused silica, spherical mirrors, to provide vertical focusing and harmonic rejection. One of the mirrors is rhodium coated and the other is uncoated. Located ~19.7 m from source. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m from source ...Monochromator: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m from source and ~6 m from sample position. Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.2 % / Av σ(I) over netI: 24.3 / Number: 633624 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.02 / D res high: 1.29 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 121660 / % possible obs: 95.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.29→30 Å / Num. obs: 121660 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 12.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 3M6U Resolution: 1.3→29.597 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.893 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.33 / Phase error: 17.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.211 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 84.79 Å2 / Biso mean: 19.302 Å2 / Biso min: 7.47 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→29.597 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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