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- PDB-3m6u: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m6u
タイトルMulti-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus in space group 43
要素rRNA methylase
キーワードTRANSFERASE / rRNA methyltransferase / 5-methylcytidine / RsmF / AdoMet / Multi-specific / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (cytosine1407-C5)-methyltransferase / RNA methyltransferase activity / RNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / rRNA processing / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #60 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, first C-terminal domain / RsmF rRNA methyltransferase first C-terminal domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Sun protein; domain 3 / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase ...: / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #60 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, first C-terminal domain / RsmF rRNA methyltransferase first C-terminal domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Sun protein; domain 3 / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.402 Å
データ登録者Demirci, H. / Larsen, H.G.L. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus.
著者: Demirci, H. / Larsen, L.H. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G.
履歴
登録2010年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA methylase
B: rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1416
ポリマ－101,7572
非ポリマー3844
水26,7701486
1
A: rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0713
ポリマ－50,8791
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: rRNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0713
ポリマ－50,8791
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.979, 70.979, 186.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 rRNA methylase


分子量: 50878.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RsmF minus
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA1387 / プラスミド: pLJ102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CP79
参照: UniProt: Q5SII2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.6
詳細: 20% (w/v) PEG3350, 200 mM sodium sulfate decahydrate (pH 6.6), microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月24日 / 詳細: Variable vertical and horizontal slits
放射モノクロメーター: Monochromator system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal preceded by a vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 162166 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.681 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.455.40.586130910.69472.6
1.45-1.515.50.421134570.7775.1
1.51-1.585.70.277139410.74777.6
1.58-1.665.90.19144820.82980.9
1.66-1.769.50.158176201.08997.9
1.76-1.910.20.125178731.43999.5
1.9-2.0910.10.113178032.45198.8
2.09-2.3910.50.092178942.30399.4
2.39-3.0211.80.07179941.96999.9
3.02-3011.50.049180112.08399.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FRX

2frx


解像度: 1.402→29.962 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.88 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 8148 5.03 %
Rwork0.169 --
obs0.17 161955 90.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.435 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 139.66 Å2 / Biso mean: 26.617 Å2 / Biso min: 11.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.038 Å2-0 Å20 Å2
2---0.038 Å20 Å2
3---0.075 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.402→29.962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 20 1486 8230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2249531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8892558
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.402-1.4180.2632070.2274149435672
1.418-1.4350.2462160.224091430772
1.435-1.4520.2512560.2194173442973
1.452-1.470.2322060.2044195440174
1.47-1.490.2312170.2244262447975
1.49-1.510.2262260.1844352457876
1.51-1.5320.2132310.1874321455277
1.532-1.5550.2112420.1664402464478
1.555-1.5790.192600.1644494475479
1.579-1.6050.1812540.1554497475180
1.605-1.6330.182520.1554557480981
1.633-1.6620.1882230.1624691491482
1.662-1.6940.23020.1665465576796
1.694-1.7290.2123140.1595647596199
1.729-1.7660.1943030.1645611591499
1.766-1.8070.1812820.1625651593399
1.807-1.8530.183010.1595678597999
1.853-1.9030.1832910.1765634592599
1.903-1.9590.2313160.2065465578196
1.959-2.0220.1962870.16856795966100
2.022-2.0940.1842920.15957065998100
2.094-2.1780.182930.16256515944100
2.178-2.2770.2172810.1785612589398
2.277-2.3970.1913240.16656695993100
2.397-2.5470.1842930.16857035996100
2.547-2.7440.1833190.16456725991100
2.744-3.020.1893060.16756795985100
3.02-3.4560.1882850.16557356020100
3.456-4.3520.1682810.14357196000100
4.352-29.9690.1542880.1635647593598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2480.1010.24880.38220.12350.4792-0.11210.00560.0646-0.08020.03310.034-0.1839-0.01690.07190.13290.0187-0.03070.08460.01350.097412.28539.1287180.6658
20.0707-0.0433-0.00840.3125-0.02170.0922-0.0207-0.0688-0.0407-0.00820.01360.03140.002-0.0417-0.00030.05280.0016-0.00470.08780.02390.085614.264121.9299189.8411
30.4904-0.47860.42131.3929-0.25160.5219-0.156-0.10910.05660.24360.1195-0.0752-0.1694-0.09540.02520.12180.0512-0.01270.1074-0.00080.081920.212134.4877200.5039
40.55830.12750.5530.0988-0.04862.16880.1811-0.0007-0.30460.0122-0.0001-0.16960.6350.0573-0.16970.23110.0043-0.06290.07810.02910.203417.8404-3.8871182.6614
50.586-0.19890.39620.24330.05030.91720.07970.0361-0.096-0.07660.00310.02540.1172-0.0109-0.08070.1226-0.024-0.02190.08510.01590.10649.81577.5885174.1013
60.1938-0.1394-0.27010.47470.21320.5512-0.1132-0.0002-0.06120.090.0420.06680.1739-0.02450.06490.1257-0.01730.02820.08420.01580.1018-23.4093-3.6759201.6773
70.06350.08-0.05790.2707-0.0070.0748-0.01780.06520.03750.00870.01580.0297-0.0013-0.04810.0030.0589-0.00070.00170.09650.02710.095-21.380413.4466192.4587
80.69870.5884-0.56581.6211-0.42960.6572-0.15650.1241-0.0647-0.26260.1152-0.06160.1915-0.09460.03510.1203-0.04940.01330.1015-0.00510.0761-14.80510.6607182.0436
90.6603-0.0332-0.73510.0815-0.14842.38250.23920.02280.30440.02440.0055-0.0845-0.63790.0441-0.21330.2084-0.00650.05390.07130.01950.18-17.514539.092199.1478
100.56420.2451-0.35330.2708-0.02540.88630.0758-0.02590.10090.07910.01160.0317-0.1154-0.0139-0.08540.1250.0270.02310.08550.01620.1095-25.66627.9143208.215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 6:71A6 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 72:198A72 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 201:310A201 - 310
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 311:341A311 - 341
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 342:459A342 - 459
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resseq 6:71B6 - 71
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resseq 72:198B72 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resseq 204:309B204 - 309
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resseq 310:341B310 - 341
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resseq 342:459B342 - 459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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