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- PDB-3m6d: The crystal structure of the d307a mutant of glycoside Hydrolase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m6d
タイトルThe crystal structure of the d307a mutant of glycoside Hydrolase (family 31) from ruminococcus obeum atcc 29174
要素Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MCSG / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4040 / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain ...Immunoglobulin-like - #4040 / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosyl hydrolase, family 31
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus obeum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tan, K. / Tesar, C. / Freeman, L. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2010
タイトル: Novel alpha-glucosidase from human gut microbiome: substrate specificities and their switch.
著者: Tan, K. / Tesar, C. / Wilton, R. / Keigher, L. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,8112
ポリマ－154,8112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area46040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.856, 124.025, 87.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 77405.453 Da / 分子数: 2 / 変異: D307A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruminococcus obeum (バクテリア) / 株: ATCC 29174 / 遺伝子: RUMOBE_03919 / プラスミド: PMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PPK1037 / 参照: UniProt: A5ZY13

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS, 25% PEG3350, 5MM MALTOSE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月24日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 29095 / Num. obs: 29095 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1847 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FFJ

3ffj
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.9→49.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 53.165 / SU ML: 0.441 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.548 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29659 1481 5.1 %RANDOM
Rwork0.21799 ---
all0.22206 27591 --
obs0.22206 27591 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20.07 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10735 0 0 0 10735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02211024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.95114866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.87151309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45623.935582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.926151894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2771568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.56515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.104210474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4234509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4374.54392
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.897→2.972 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 102 -
Rwork0.34 1799 -
obs--88.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6306-0.1608-0.33090.34210.23510.6111-0.06180.0052-0.0663-0.02620.03980.03640.04830.02040.0220.0385-0.0285-0.04340.04180.02970.1157-0.8821.89616.948
20.247-0.04650.16051.043-0.24020.47970.0110.0094-0.0290.0002-0.018-0.0415-0.02690.05610.0070.00710.005-0.01660.07360.00470.1089-2.003-2.50957.664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 663
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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