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万見
- PDB-3m6c: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis GroEL1 apical domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m6c
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis GroEL1 apical domain
要素60 kDa chaperonin 1
キーワードCHAPERONE / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid organization / bacterial nucleoid / DNA protection / GroEL-GroES complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / cell wall / chaperone cofactor-dependent protein refolding / unfolded protein binding / protein folding / single-stranded DNA binding ...nucleoid organization / bacterial nucleoid / DNA protection / GroEL-GroES complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / cell wall / chaperone cofactor-dependent protein refolding / unfolded protein binding / protein folding / single-stranded DNA binding / response to heat / protein refolding / cell surface / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family ...GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
60 kDa chaperonin 1 / 60 kDa chaperonin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tsai, F.T.F. / Sielaff, B. / Lee, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and functional conservation of Mycobacterium tuberculosis GroEL paralogs suggests that GroEL1 Is a chaperonin.
著者: Sielaff, B. / Lee, K.S. / Tsai, F.T.
履歴
登録2010年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7471
ポリマ－20,7471
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.468, 78.647, 34.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 60 kDa chaperonin 1 / Protein Cpn60-1 / groEL protein 1


分子量: 20746.693 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 184-377 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv
遺伝子: groEL-1, groEL1, groL1, MT3526, MTCY78.12, Rv3417c
プラスミド: pProEX Htb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P0A518, UniProt: P9WPE9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% PEG 6000, 0.1M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: Mirrors Varimax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 10994 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Num. unique all: 986 / Χ2: 0.924 / % possible all: 91.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SJP

1sjp


解像度: 2.2→20.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 375010 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 544 5.2 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs-10517 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.122 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 65.66 Å2 / Biso mean: 30.293 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å20 Å2
2---3.87 Å20 Å2
3---4.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1461 0 0 65 1526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.122.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 68 4.5 %
Rwork0.25 1458 -
all-1526 -
obs--84.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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