PDB-3m6a: Crystal structure of Bacillus subtilis Lon C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m6a

タイトル

Crystal structure of Bacillus subtilis Lon C-terminal domain

要素

ATP-dependent protease La 1

キーワード

HYDROLASE / alpha / beta / ATP-binding / nucleotide-binding / protease / serine protease / stress response

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase La / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATP-dependent peptidase activity / cellular response to heat / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Duman, R.E. / Lowe, J.Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Bacillus subtilis Lon Protease.
著者: Duman, R.E. / Lowe, J.

履歴

登録	2010年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m6a.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m6a.ent.gz	991.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3m6a_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m6a_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
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CIF形式データ	3m6a_validation.cif.gz	166.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3m65C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u5z-d 6v11-d 21009 4dx7-d 5jmn-d 6q4o-d 3371 2522 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent protease La 1

B: ATP-dependent protease La 1

C: ATP-dependent protease La 1

D: ATP-dependent protease La 1

E: ATP-dependent protease La 1

F: ATP-dependent protease La 1

ヘテロ分子

363 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: ATP-dependent protease La 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 1 ポリマー
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3

B: ATP-dependent protease La 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 1 ポリマー
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4

C: ATP-dependent protease La 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 1 ポリマー
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5

D: ATP-dependent protease La 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 1 ポリマー
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6

E: ATP-dependent protease La 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 1 ポリマー
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7

F: ATP-dependent protease La 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.382, 127.400, 148.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 246:298 )
2	1	1	chain B and (resseq 246:298 )
3	1	1	chain C and (resseq 246:298 )
4	1	1	chain D and (resseq 246:298 )
5	1	1	chain E and (resseq 246:298 )
6	1	1	chain F and (resseq 246:298 )
1	1	2	chain A and (resseq 308:382 or resseq 403:427 or resseq 437:490 )
2	1	2	chain B and (resseq 308:382 or resseq 403:427 or resseq 437:490 )
3	1	2	chain C and (resseq 308:382 or resseq 403:427 or resseq 437:490 )
4	1	2	chain D and (resseq 308:382 or resseq 403:427 or resseq 437:490 )
5	1	2	chain E and (resseq 308:382 or resseq 403:427 or resseq 437:490 )
6	1	2	chain F and (resseq 308:382 or resseq 403:427 or resseq 437:490 )
1	1	3	chain A and (resseq 491:582 )
2	1	3	chain B and (resseq 491:582 )
3	1	3	chain C and (resseq 491:582 )
4	1	3	chain D and (resseq 491:582 )
5	1	3	chain E and (resseq 491:582 )
6	1	3	chain F and (resseq 491:582 )
1	1	4	chain A and (resseq 591:770 )
2	1	4	chain B and (resseq 591:770 )
3	1	4	chain C and (resseq 591:770 )
4	1	4	chain D and (resseq 591:770 )
5	1	4	chain E and (resseq 591:770 )
6	1	4	chain F and (resseq 591:770 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	ATP-dependent protease La 1 分子量: 60038.691 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain (240-774) / 変異: S677A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU28200, lon, lonA / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: P37945, endopeptidase La
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

#1: タンパク質

ATP-dependent protease La 1

分子量: 60038.691 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal domain (240-774) / 変異: S677A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU28200, lon, lonA / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: P37945, endopeptidase La

#2: 化合物

ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP

分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Sodium Citrate, 0.5M Ammonium Acetate, 14% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537,1.2546

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9537	1
2	1.2546	1

反射

解像度: 3.4→58.42 Å / Num. all: 52274 / Num. obs: 52431 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1.3 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.68 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_249)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.4→29.915 Å / SU ML: 0.51 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 33.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3127	5051	4.98 %
R_work	0.265	-	-
obs	0.2673	101419	98.74 %
all	-	102713	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 80 Å² / k_sol: 0.2 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4017 Å²	0 Å²	7.917 Å²
2-	-	6.68 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.0817 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.915 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23034	0	162	0	23196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	23526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.298	31746
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.474	9030
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	3714
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4032

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
1	3	C	419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
1	4	D	419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
1	5	E	419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018
1	6	F	419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.015
2	1	A	1191	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	1191	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
2	3	C	1191	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
2	4	D	1191	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
2	5	E	1191	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
2	6	F	1191	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
3	1	A	755	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	755	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
3	3	C	755	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
3	4	D	755	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
3	5	E	755	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.066
3	6	F	755	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
4	1	A	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
4	3	C	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
4	4	D	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
4	5	E	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
4	6	F	1332	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.4386	0.4549	200	0.3821	3329	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4386-3.479	0.3992	202	0.3646	3073	X-RAY DIFFRACTION	99
3.479-3.5213	0.4137	153	0.3623	3229	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5213-3.5658	0.4195	169	0.3528	3322	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5658-3.6127	0.4138	183	0.3533	3108	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6127-3.6621	0.3898	174	0.3406	3265	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6621-3.7143	0.3454	153	0.3003	3243	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7143-3.7697	0.3723	172	0.2815	3194	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7697-3.8284	0.3254	187	0.2768	3293	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8284-3.8911	0.3275	146	0.2872	3182	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8911-3.958	0.3821	174	0.2825	3240	X-RAY DIFFRACTION	99
3.958-4.0298	0.3002	128	0.2816	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0298-4.1072	0.4058	161	0.2717	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1072-4.1908	0.2623	158	0.2519	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1908-4.2816	0.3356	211	0.2524	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2816-4.3809	0.2717	198	0.2341	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3809-4.4902	0.2882	146	0.2274	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4902-4.6111	0.2861	172	0.2253	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6111-4.7463	0.2994	174	0.2354	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7463-4.8989	0.2931	170	0.2336	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8989-5.0731	0.306	140	0.2247	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0731-5.2752	0.304	171	0.2376	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2752-5.5139	0.3338	175	0.2598	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5139-5.8026	0.3492	170	0.2665	3221	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8026-6.1632	0.3334	172	0.2586	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1632-6.6343	0.2564	149	0.2456	3236	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6343-7.2931	0.2595	168	0.2187	3202	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2931-8.3285	0.2444	171	0.2043	3041	X-RAY DIFFRACTION	93
8.3285-10.4188	0.1989	189	0.1748	3129	X-RAY DIFFRACTION	97
10.4188-29.9161	0.2903	115	0.2806	2869	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4337	-0.8042	1.1217	0.8947	-0.6847	1.0105	-0.3652	0.3841	-0.3612	0.2945	1.201	0.6748	-0.5886	-0.3812	0.0467	1.0648	-0.7465	-0.0956	-0.0013	-0.0639	2.1979	72.4859	20.6387	10.8574
2	0.2004	-0.0664	0.0939	0.1453	0.0904	0.2472	0.4526	-0.7108	-0.2421	-0.0291	0.9757	-0.8724	-0.0709	0.6513	0.0342	0.6228	0.0618	-0.3768	1.2409	0.6257	1.8847	51.3406	27.7171	62.9904
3	0.0372	-0.0354	-0.0268	-0.0052	0.0076	0.0107	-0.3541	-0.4732	-0.6039	-0.2634	-0.9883	0.3293	0.9763	0.4469	-0.0088	2.5589	0.5054	-1.884	2.2113	-1.4562	3.2379	67.5121	39.3758	22.3854
4	0.085	-0.0491	-0.0509	-0.0359	0.0678	0.0572	-0.0821	-0.1556	0.5289	0.6016	-0.2198	-1.1826	-0.4738	-0.5715	-0.0029	1.1565	-0.5228	0.21	2.4323	0.221	1.852	80.0296	-1.8761	27.5791
5	0.0488	0.0514	0.0099	0.0592	0.0557	0.1489	-0.3381	-1.0182	0.9935	0.1511	-0.7597	-0.1955	0.4636	0.4009	-0.0178	1.6394	0.2922	-0.5673	2.097	0.6409	1.9275	59.3311	40.8057	45.7838
6	0.09	-0.1409	0.0057	0.2871	-0.3236	0.5284	0.406	-0.1883	-0.4855	0.6408	1.3525	0.6839	1.1833	-0.8506	0.0401	1.8469	0.2311	-0.4086	1.3383	-0.8976	1.9893	34.944	9.5017	59.2042
7	0.9203	-0.4459	0.3008	0.9632	-1.0419	3.743	0.2888	0.636	-0.4678	0.7214	-0.1914	-0.1804	0.1572	-0.1455	1.1683	0.6004	0.0292	-0.1897	0.1861	-0.3123	0.7093	41.0533	18.0865	1.5604
8	4.3337	0.5684	-1.3875	3.0043	0.7138	1.9891	0.5199	0.0794	0.9951	-0.4347	-0.2923	-0.1202	-0.4143	0.2834	-1.4915	0.6257	-0.3547	-0.0147	0.2953	0.1012	0.3666	25.093	44.4903	74.1573
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精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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