PDB-3m66: Crystal structure of human Mitochondrial Transcription Terminatio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m66

タイトル

Crystal structure of human Mitochondrial Transcription Termination Factor 3

要素

mTERF domain-containing protein 1, mitochondrial

キーワード

TRANSCRIPTION / Mitochondrion / DNA binding protein / Transcription factor / Transcription termination / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / mitochondrial outer membrane / transcription cis-regulatory region binding / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Spahr, H. / Samuelsson, T. / Hallberg, B.M. / Gustafsson, C.M.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Structure of mitochondrial transcription termination factor 3 reveals a novel nucleic acid-binding domain.
著者: Spahr, H. / Samuelsson, T. / Hallberg, B.M. / Gustafsson, C.M.

履歴

登録	2010年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m66.cif.gz	127.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m66.ent.gz	100.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m66_validation.pdf.gz	414.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m66_full_validation.pdf.gz	416.9 KB	表示
XML形式データ	3m66_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	3m66_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m66	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2lf4-d 1r4c-3 1r4c-2 2f4w-d 6hkw-2 1l0s-5 5t69-d 5eaz-1 6tj7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: mTERF domain-containing protein 1, mitochondrial

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.230, 32.240, 70.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	mTERF domain-containing protein 1, mitochondrial / MTERF3 分子量: 31562.936 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 148-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGI-12, MTERFD1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4;EF198106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q96E29
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

mTERF domain-containing protein 1, mitochondrial / MTERF3

分子量: 31562.936 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 148-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGI-12, MTERFD1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4;EF198106 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q96E29

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM sodium/potassium phosphate [pH 6.2], 200 mM sodium chloride, 30 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 300, and 1 mM dithiothreitol (DTT), VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9729 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 40085 / Num. obs: 39570 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 14.85
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 2867 / R_sym value: 0.642 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→41.79 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	1878	4.97 %	RANDOM
R_work	0.1732	-	-	-
obs	0.1746	37761	94.27 %	-
all	-	40056	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.954 Å² / k_sol: 0.382 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.822 Å²	0 Å²	-2.883 Å²
2-	-	7.496 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.673 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2222	0	0	263	2485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2266
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.456	3050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.914	865
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6432	0.3007	128	0.2574	2373	X-RAY DIFFRACTION	83
1.6432-1.6916	0.2398	130	0.2216	2483	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6916-1.7462	0.2527	139	0.1969	2563	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7462-1.8086	0.2003	131	0.1817	2624	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8086-1.881	0.2079	162	0.1758	2690	X-RAY DIFFRACTION	93
1.881-1.9666	0.2133	131	0.1779	2775	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9666-2.0703	0.1905	155	0.1559	2823	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0703-2.2	0.162	126	0.1559	2851	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.3699	0.2087	153	0.1542	2872	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3699-2.6083	0.2023	149	0.1602	2903	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6083-2.9856	0.2071	144	0.1689	2931	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9856-3.7612	0.194	161	0.1715	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7612-41.8045	0.1792	169	0.1725	3052	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8703	-0.0971	2.0837	1.2947	-1.4904	-0.2284	0.2074	-0.54	-0.2068	-0.1024	-0.0498	0.1541	0.4278	-0.2915	-0.0939	0.368	0.0082	0.1596	0.3672	-0.0238	0.3403	2.3065	3.4277	43.6078
2	1.9234	0.773	0.8551	0.601	-0.8579	1.4208	0.049	-0.0502	-0.4423	-0.0131	0.1537	0.3881	0.1518	-0.1373	-0.1463	0.1155	-0.0098	0.0363	0.0937	-0.0048	0.2059	7.4304	-0.0741	31.639
3	0.5433	0.2096	0.0266	-0.6522	-1.139	0.8703	0.0202	-0.1086	0.125	0.3155	0.0918	0.2066	-0.2906	-0.0146	-0.2282	0.1993	0.0268	0.098	0.083	-0.0143	0.214	13.1145	10.31	37.8797
4	1.7163	1.2258	0.1018	0.2841	0.0631	0.6854	0.0216	-0.0636	0.1953	0.056	-0.0212	0.1194	-0.0349	-0.047	-0.0057	0.1349	0.0091	0.0345	0.055	-0.007	0.2099	18.5971	11.3885	28.6377
5	3.4922	1.5753	-0.4862	0.2853	0.6463	1.2336	-0.1925	0.3509	0.2271	-0.3753	0.1369	0.0415	-0.2207	-0.1053	0.0274	0.2022	-0.0016	0.0447	0.1273	0.0295	0.1773	19.9089	15.8849	19.4493
6	1.4822	0.2757	1.0228	0.4565	0.3145	1.1506	-0.0181	0.335	-0.2382	-0.0491	0.0774	-0.1363	-0.0473	0.2356	-0.0379	0.1593	-0.0053	0.064	0.1638	-0.0423	0.2295	30.2019	7.6461	17.0201
7	0.9291	-0.6521	0.576	1.7368	1.712	2.0895	0.0678	0.2588	-0.0145	0.0186	0.0575	-0.2333	0.1263	0.3674	-0.1288	0.1546	0.0063	0.0571	0.216	-0.0278	0.2084	25.6253	6.1886	6.2982
8	1.6642	0.1834	1.2606	1.1474	-0.1066	2.4121	0.0173	0.1656	-0.0385	0.0519	0.0034	-0.0256	-0.0914	0.415	-0.0304	0.1681	-0.0093	0.0669	0.2673	-0.027	0.2029	19.1185	3.9521	-5.5315
9	1.5574	-0.1072	1.2065	1.2152	0.4291	0.7947	0.0165	0.0869	0.4306	-0.1726	0.0615	0.3157	-0.0531	0.0211	-0.0562	0.1827	-0.0162	0.0587	0.2403	0.0097	0.329	6.0899	4.7602	-13.4576
10	4.2403	2.3597	1.8518	1.916	-0.1142	1.2975	0.0662	-0.7646	0.7213	-0.1342	-0.0615	0.2753	-0.0027	-0.5392	0.0022	0.2594	0.0126	0.1029	0.3118	-0.0102	0.4544	-4.6217	4.1927	-11.5577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 148:158)	A	148 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 159:176)	A	159 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 177:199)	A	177 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 200:232)	A	200 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 233:249)	A	233 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 250:269)	A	250 - 269
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 270:306)	A	270 - 306
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 307:353)	A	307 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 354:389)	A	354 - 389
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 390:417)	A	390 - 417

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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