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- PDB-3m5l: Crystal structure of HCV NS3/4A protease in complex with ITMN-191 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m5l
タイトルCrystal structure of HCV NS3/4A protease in complex with ITMN-191
要素NS3/4A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HCV / Hepatitis C Virus / NS3 / protease / drug resistance / serine protease / chimera protein / fusion protein / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b ...Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TSV / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Romano, K.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Drug resistance against HCV NS3/4A inhibitors is defined by the balance of substrate recognition versus inhibitor binding.
著者: Romano, K.P. / Ali, A. / Royer, W.E. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2010年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999The cofactor 4A residues 990-1000(GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) in this entry ...The cofactor 4A residues 990-1000(GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) in this entry correspond to residues numbering 1678-1688 of database sequence reference (UNP A8DG50). This peptide is covalently linked to the N-terminus of NS3. C1679S mutation was engineered to prevent disulfide formation. The V1686I and I1687N were engineered to optimize the linker between the cofactor 4A and NS3.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3/4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3794
ポリマ－21,4871
非ポリマー8913
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.190, 58.740, 61.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NS3/4A


分子量: 21487.330 Da / 分子数: 1
断片: NS4A (UNP residues 1678-1688), NS3 (UNP residues 1027-1657)
変異: A1027S, P1028G, I1029D, L1039E, L1040E, I1043Q, I1044E, L1047Q, A1066T, C1073S, C1078L, I1098T, P1112Q, S1165A, C1185S, C1679S, V1686I, I1687N
由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein crystallized is a single-chain construct of protease domain of hepatitis C virus NS3/4A, with cofactor 4A covalently linked at the N-terminus.
由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
株: BID-V318 / 遺伝子: NS3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8DG50, hepacivirin
#2: 化合物 ChemComp-TSV / (2R,6S,12Z,13aS,14aR,16aS)-6-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-14a-[(cyclopropylsulfonyl)carbamoyl]-5,16-dioxo-1,2,3,5,6,7,8 ,9,10,11,13a,14,14a,15,16,16a-hexadecahydrocyclopropa[e]pyrrolo[1,2-a][1,4]diazacyclopentadecin-2-yl 4-fluoro-2H-isoindole-2-carboxylate / ITMN-191 / danoprevir


分子量: 729.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H44FN5O9S / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES buffer pH 6.5, 4% (w/v) ammonium sulfate, 20-26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 55461 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 20.04
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→42.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.14 / SU ML: 0.023 / SU R Cruickshank DPI: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16759 2816 5.1 %RANDOM
Rwork0.14952 ---
obs0.15043 52645 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.808 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 57 206 1682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4842.0432186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24132532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6055206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33222.91748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.96215225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3881510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02307
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0961.5992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.311.5412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71221596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3853593
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2444.5573
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.8932615
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 197 -
Rwork0.181 3823 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-3.1443-0.29030.09586.2608-3.41910.8713-0.12130.07770.1380.41160.19630.3147-0.10850.0215-0.0750.23880.06510.11730.12890.05670.1151-6.1881-16.6587-4.3658
22.01881.351-1.19754.7743-2.58133.68730.02710.20910.0739-0.25710.08140.0711-0.104-0.1036-0.10840.0760.00630.0070.0577-0.01040.0422-2.10231.7459-23.6991
33.45610.9889-2.10293.1676-0.53844.14460.02570.1419-0.02240.06910.0240.0787-0.0602-0.1759-0.04970.0740.01120.00630.0378-0.00540.051-4.03155.0041-19.1815
43.92672.48730.98666.8529-0.65086.81080.098-0.06920.03590.697-0.04680.3976-0.4235-0.2019-0.05120.12140.01060.08420.02750.00440.06-10.4763-4.7529-9.5946
519.1021-3.7257-9.15772.3602-0.44729.91140.26270.46250.2395-0.18040.0120.2619-0.3445-0.4652-0.27470.07540.0136-0.02950.0437-0.00040.1245-8.2817-1.3966-25.154
61.8902-0.5357-0.21612.6968-0.39510.32190.0576-0.22310.00540.18430.04840.0520.22420.1935-0.1060.0435-0.0040.00250.0618-0.00980.0485-0.0208-5.0466-14.4738
71.216-0.0192-0.22541.1539-0.37740.69890.0106-0.0452-0.0122-0.0457-0.0150.04950.05780.00210.00440.0451-0.0080.00160.0353-0.00620.03671.4218-11.792-20.144
83.186-2.193-0.87032.79691.29681.13350.08060.1056-0.1077-0.0654-0.09810.22880.0971-0.2320.01750.0695-0.0180.00260.10180.00710.1021-10.1934-14.5908-18.8102
92.4623-0.3616-0.1540.3894-0.22251.1471-0.006-0.0063-0.0667-0.1039-0.03740.02020.06820.0270.04330.0757-0.00320.00960.0430.00280.06055.8221-19.588-21.0984
102.5904-1.26430.70953.0536-3.07853.75610.06960.0241-0.0589-0.07180.06510.337-0.0503-0.284-0.13480.0947-0.0007-0.0430.0812-0.0260.1206-6.8884-10.374-26.2913
111.8421-0.3564-0.76520.6850.34441.68920.06110.20650.2042-0.0778-0.0154-0.1403-0.0344-0.0398-0.04560.05420.00270.02240.05010.04020.089710.184-4.1983-32.6019
1211.7076-6.4202-7.99012.02243.29859.87070.1663-0.01390.94830.07640.0949-0.6664-0.19930.1649-0.26120.0716-0.02950.05140.0087-0.01530.242711.73063.5864-24.931
133.2484-1.6382-0.48644.7611.83251.88220.0214-0.02820.1071-0.00310.0758-0.0709-0.0357-0.0118-0.09720.04060.00680.02730.0822-0.00140.065620.5072-9.0991-30.412
14-0.4147-0.23351.79120.76944.19986.2260.0698-0.08130.2091-0.3734-0.0068-0.3643-0.5147-0.1408-0.0630.1643-0.05390.12170.1519-0.09110.216720.19371.5064-22.0655
153.31231.15411.3691.06292.45925.2667-0.0827-0.04720.2087-0.14710.05670.0002-0.3230.23680.02610.0649-0.0096-0.00510.06940.00030.085610.5813-1.4219-18.8093
160.69581.6208-3.423.1484-1.24474.70550.1140.16270.34640.01320.04840.0265-0.0102-0.1511-0.16240.06950.0180.05380.12470.08960.15028.9219-4.6878-34.6543
173.80991.866-0.92891.89871.29081.8713-0.0258-0.2101-0.0347-0.0027-0.0614-0.06910.0430.1270.08730.04470.0010.01010.06880.00770.051414.0342-8.8157-20.7844
182.5132-3.829-3.81635.18327.600912.8201-0.0645-0.61580.1997-0.02160.9244-0.744-0.03451.3061-0.85990.047-0.0153-0.00590.3041-0.14960.18424.6134-2.2254-16.3488
199.29195.10073.39382.81773.73295.01620.063-0.00170.0159-0.06390.0006-0.06880.14480.1932-0.06370.0820.02040.03010.0730.00380.065614.4494-11.029-25.6835
2011.92040.5194-3.99683.20350.03612.6226-0.28170.2167-0.48260.03770.01680.03850.42230.0040.26490.1839-0.00840.0310.054-0.02880.06276.4276-18.3334-31.2343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A986 - 991
2X-RAY DIFFRACTION2A992 - 1004
3X-RAY DIFFRACTION3A1005 - 1012
4X-RAY DIFFRACTION4A1013 - 1026
5X-RAY DIFFRACTION5A1027 - 1032
6X-RAY DIFFRACTION6A1033 - 1041
7X-RAY DIFFRACTION7A1042 - 1063
8X-RAY DIFFRACTION8A1064 - 1074
9X-RAY DIFFRACTION9A1075 - 1083
10X-RAY DIFFRACTION10A1084 - 1093
11X-RAY DIFFRACTION11A1094 - 1109
12X-RAY DIFFRACTION12A1110 - 1116
13X-RAY DIFFRACTION13A1117 - 1123
14X-RAY DIFFRACTION14A1124 - 1132
15X-RAY DIFFRACTION15A1133 - 1142
16X-RAY DIFFRACTION16A1143 - 1152
17X-RAY DIFFRACTION17A1153 - 1158
18X-RAY DIFFRACTION18A1159 - 1166
19X-RAY DIFFRACTION19A1167 - 1171
20X-RAY DIFFRACTION20A1172 - 1179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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