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万見
- PDB-3m4x: Structure of a ribosomal methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m4x
タイトルStructure of a ribosomal methyltransferase
要素NOL1/NOP2/sun family protein
キーワードTRANSFERASE / MTase domain / PUA domain / RRM motif
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA methylation / RNA methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding
類似検索 - 分子機能
rRNA small subunit methyltransferase F, RNA-binding PUA-like domain / RNA-binding PUA-like domain of methyltransferase RsmF / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #60 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, first C-terminal domain / RsmF rRNA methyltransferase first C-terminal domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Sun protein; domain 3 / UPF0113, PUA domain / Nop2p ...rRNA small subunit methyltransferase F, RNA-binding PUA-like domain / RNA-binding PUA-like domain of methyltransferase RsmF / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #60 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, first C-terminal domain / RsmF rRNA methyltransferase first C-terminal domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Sun protein; domain 3 / UPF0113, PUA domain / Nop2p / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA/rRNA methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Galimand, M. / Schmitt, E. / Panvert, M. / Mechulam, Y. / Courvalin, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of an RNA methyltransferase
著者: Galimand, M. / Schmitt, E. / Panvert, M. / Mechulam, Y. / Courvalin, P.
履歴
登録2010年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NOL1/NOP2/sun family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7521
ポリマ－51,7521
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.556, 98.556, 106.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 NOL1/NOP2/sun family protein / rRNA Methyltransferase / EFM methyltransferase


分子量: 51751.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
株: CIP 54-32 / 遺伝子: EfmM / プラスミド: Pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q3Y1J9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS THE SAME AS DATABASE UNIPROTKB/TREMBL C9C5U0 (C9C5U0_ENTFC), BUT THE ...THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS THE SAME AS DATABASE UNIPROTKB/TREMBL C9C5U0 (C9C5U0_ENTFC), BUT THE STRAIN OF THE SOURCE ORGANISM IS DIFFERENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% Peg 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→36.099 Å / Num. all: 24457 / Num. obs: 24384 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.94 % / Biso Wilson estimate: 41.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.05
反射 シェル解像度: 2.28→2.35 Å / 冗長度: 6.52 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 4.18 / Rsym value: 0.397 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2FRX

2frx


解像度: 2.28→33.896 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.819 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 1235 5.07 %
Rwork0.1965 --
obs0.1993 24382 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.683 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 250.4 Å2 / Biso mean: 47.511 Å2 / Biso min: 17.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.36 Å2-0 Å20 Å2
2---7.36 Å20 Å2
3---14.721 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→33.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 0 83 3569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1174836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1241313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005626
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.37130.24651270.19372541X-RAY DIFFRACTION100
2.3713-2.47920.27751470.19522498X-RAY DIFFRACTION100
2.4792-2.60980.25351320.20982537X-RAY DIFFRACTION100
2.6098-2.77330.26141580.2082519X-RAY DIFFRACTION100
2.7733-2.98730.29521390.21032557X-RAY DIFFRACTION100
2.9873-3.28770.29421320.21232572X-RAY DIFFRACTION100
3.2877-3.76290.25351130.19442590X-RAY DIFFRACTION100
3.7629-4.73880.21441480.16382615X-RAY DIFFRACTION100
4.7388-33.90010.22041390.18092718X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6265 Å / Origin y: 16.8107 Å / Origin z: 23.372 Å
111213212223313233
T0.2476 Å20.0244 Å20.0763 Å2-0.2394 Å2-0.0057 Å2--0.1767 Å2
L0.7235 °2-0.5212 °2-0.2026 °2-1.7159 °2-0.2412 °2--0.3432 °2
S-0.0576 Å °-0.148 Å °-0.0374 Å °0.203 Å °0.1979 Å °0.1958 Å °-0.0534 Å °0.037 Å °0.0008 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA7 - 455
2X-RAY DIFFRACTION1allA457 - 539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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