PDB-3m47: Crystal structure of the mutant I218A of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m47

タイトル

Crystal structure of the mutant I218A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / mutant I218A

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
著者: Wood, B.M. / Amyes, T.L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Shabila, A. / Almo, S.C. / Richard, J.P. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月6日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m47.cif.gz	98.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m47.ent.gz	75.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m47_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m47_full_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示
XML形式データ	3m47_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	3m47_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/3m47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/3m47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lhtC 3lhuC 3lhvC 3lhwC 3lhyC 3lhzC 3li1C 3lldC 3llfC 3ltpC 3ltsC 3ltyC 3lv5C 3lv6C 3m1zC 3m41C 3m43C 3m44C 3m5xC 3m5yC 3m5zC 3g18S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m43-1 3nqa-1 3m44-d 3m5y-d 4nx5-d 4fx8-d 3sj3-d 3g1s-d 3g1y-d 3wk3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.905, 56.908, 125.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24842.617 Da / 分子数: 2 / 変異: I218A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月30日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→33.7 Å / Num. all: 98323 / Num. obs: 98323 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.083

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G18

3g18

解像度: 1.2→33.7 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2475	4909	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2265	-	-	-
all	0.2276	98323	-	-
obs	0.2276	98323	76.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.589 Å² / k_sol: 0.424 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→33.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3207	0	36	238	3481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.084	4490
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.483	1254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2138	0.1982	3	0.4923	114	X-RAY DIFFRACTION	3
1.2138-1.2281	0.6312	4	0.4284	104	X-RAY DIFFRACTION	3
1.2281-1.2431	0.493	3	0.4713	51	X-RAY DIFFRACTION	1
1.2431-1.2588	0.4135	14	0.4094	145	X-RAY DIFFRACTION	4
1.2588-1.2754	0.4539	8	0.4556	186	X-RAY DIFFRACTION	5
1.2754-1.2928	0.3849	23	0.4445	695	X-RAY DIFFRACTION	17
1.2928-1.3113	0.388	65	0.402	1254	X-RAY DIFFRACTION	32
1.3113-1.3309	0.4	138	0.3824	2605	X-RAY DIFFRACTION	65
1.3309-1.3517	0.3181	179	0.3908	3339	X-RAY DIFFRACTION	82
1.3517-1.3738	0.3868	195	0.3744	3682	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3738-1.3975	0.3691	192	0.355	3990	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3975-1.4229	0.3291	200	0.339	4015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4229-1.4503	0.3142	191	0.3209	4018	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4503-1.4799	0.3077	214	0.3011	4009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4799-1.5121	0.2943	197	0.2955	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5121-1.5473	0.2797	203	0.2743	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5473-1.586	0.3075	209	0.258	4019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.586-1.6288	0.2728	204	0.2471	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6288-1.6768	0.2636	228	0.2463	4014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6768-1.7309	0.2631	206	0.241	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7309-1.7927	0.2771	222	0.2375	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7927-1.8645	0.2687	225	0.2295	4035	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8645-1.9494	0.2426	209	0.2207	4040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9494-2.0521	0.2214	216	0.207	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0521-2.1807	0.2311	225	0.2201	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1807-2.349	0.2524	206	0.2202	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.349-2.5853	0.2547	225	0.2293	4123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.9592	0.2422	246	0.2204	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9592-3.7276	0.2291	216	0.2055	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7276-33.711	0.2158	243	0.1952	4298	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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