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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m1y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Phosphoserine phosphatase (SerB) from Helicobacter pylori | ||||||
![]() | Phosphoserine phosphatase (SerB) | ||||||
![]() | HYDROLASE / NYSGXRC / PSI II / phophoserine phosphatase / Protein structure Initiative / structural genomics / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-phosphoserine phosphatase activity => GO:0036424 / phosphoserine phosphatase / L-serine biosynthetic process / phosphatase activity / dephosphorylation / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Syed Ibrahim, B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Phosphoserine phosphatase (SerB) from Helicobacter pylori 著者: Syed Ibrahim, B. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24565.400 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis Tris, 25 % Peg 3350, 0.2 M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月27日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 35629 / Num. obs: 35629 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2864 / % possible all: 78.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.6952 Å2 / ksol: 0.363668 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.07 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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