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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m0v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase mutant S329L in complex with L-rhamnose | ||||||
要素 | L-rhamnose isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / BETA/ALPHA BARREL / HOMO-TETRAMER / METAL-BINDING PROTEIN / TIM barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-rhamnose isomerase activity / L-lyxose metabolic process / rhamnose catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas stutzeri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshida, H. / Takeda, K. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2010 タイトル: Elucidation of the role of Ser329 and the C-terminal region in the catalytic activity of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase 著者: Yoshida, H. / Takeda, K. / Izumori, K. / Kamitori, S. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: The structures of L-rhamnose isomerase from Pseudomonas stutzeri in complexes with L-rhamnose and D-allose provide insights into broad substrate specificity 著者: Yoshida, H. / Yamada, M. / Ohyama, Y. / Takada, G. / Izumori, K. / Kamitori, S. #2: ジャーナル: Febs J. / 年: 2010 タイトル: Catalytic reaction mechanism of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase deduced from X-ray structures 著者: Yoshida, H. / Yamaji, M. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m0v.cif.gz | 371.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m0v.ent.gz | 297.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3m0v_validation.pdf.gz | 477.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3m0v_full_validation.pdf.gz | 496.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3m0v_validation.xml.gz | 76.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3m0v_validation.cif.gz | 114 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/3m0v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48030.691 Da / 分子数: 4 / 変異: D150N, S329L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q75WH8, L-rhamnose isomerase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 糖 | ChemComp-RNS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 7-8% (w/v) polyethylene glycol 20000, 50mM MES pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月14日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 153447 / Num. obs: 153447 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 88.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HCV 解像度: 1.79→47.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 82148.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.6214 Å2 / ksol: 0.369809 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→47.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.79→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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