[日本語] English
万見
- PDB-3m03: Crystal structure of human Orc6 fragment -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m03
タイトルCrystal structure of human Orc6 fragment
要素Origin recognition complex subunit 6
キーワードDNA BINDING PROTEIN / helix turn helix / Origin recognition complex / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin ...CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / fibrillar center / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / : / ORC6 second cyclin-like domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Origin recognition complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, S.X. / Wu, L.J. / Sun, J. / Wang, H.F. / Liu, Y.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural analysis of human Orc6 protein reveals a homology with transcription factor TFIIB
著者: Liu, S.X. / Balasov, M. / Wang, H.F. / Wu, L.J. / Chesnokov, I.N. / Liu, Y.F.
履歴
登録2010年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Origin recognition complex subunit 6
B: Origin recognition complex subunit 6
C: Origin recognition complex subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7535
ポリマ－31,4623
非ポリマー2912
水1,04558
1
A: Origin recognition complex subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6832
ポリマ－10,4871
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Origin recognition complex subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5832
ポリマ－10,4871
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Origin recognition complex subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4871
ポリマ－10,4871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.571, 104.571, 30.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

-
要素

#1: タンパク質 Origin recognition complex subunit 6 / ORC6


分子量: 10487.373 Da / 分子数: 3 / 断片: Middle Domain, reisdues 93-187 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC6 / プラスミド: pGEX4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y5N6
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, Li2SO4, PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 12005 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 57.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 1226 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 20.211 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.517 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26618 572 4.8 %RANDOM
Rwork0.22599 ---
obs0.2279 11398 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 0 17 58 2176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3992.0112849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4615269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22625.8973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.08215450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.268159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1071.51362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96822192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3453768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.294.5657
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 37 -
Rwork0.313 854 -
obs-1226 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.55440.32670.94332.8044-0.86214.8695-0.1380.10890.3740.0916-0.0657-0.2669-0.53970.78290.20370.1252-0.1111-0.02820.27160.03210.085332.074621.496428.1548
22.08160.3820.18855.84030.24781.8924-0.018-0.016-0.329-0.01210.01860.07620.04720.2989-0.00060.01540.03670.02210.13760.04360.185420.07290.221330.735
318.4373-3.79862.68595.28720.27192.183-0.21331.0534-0.13510.27760.26610.0302-0.2157-0.1461-0.05280.31180.0025-0.00620.80470.09430.431258.841910.432133.4452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A94 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2B93 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3C97 - 185

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る