PDB-3lzu: Crystal Structure of a Nelfinavir Resistant HIV-1 CRF01_AE Protea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lzu

タイトル

Crystal Structure of a Nelfinavir Resistant HIV-1 CRF01_AE Protease variant (N88S) in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir.

要素

HIV-1 protease

キーワード

HYDROLASE / HIV-1 protease / non-B clades / CRF01_AE / inhibitor resistance / AIDS / Aspartyl protease

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Bandaranayake, R.M.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
著者: Bandaranayake, R.M. / Kolli, M. / King, N.M. / Nalivaika, E.A. / Heroux, A. / Kakizawa, J. / Sugiura, W. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lzu.cif.gz	57.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lzu.ent.gz	42.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lzsC 3lzvC 1tsuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a6c-d 2z54-d 4u8w-d 3lzs-d 1hvh-d 3t3c-d 2pym-d 1tsu-d 4mc9-d 1d4h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

B: HIV-1 protease

A: HIV-1 protease

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.878, 61.878, 82.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	HIV-1 protease 分子量: 10739.773 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, N88S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NH1 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 参照: UniProt: Q9QB59, UniProt: P24740*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日 / 詳細: bent conical Si, Rh coating

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→53.61 Å / Num. all: 79445 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 0.982 / Net I/σ(I): 19.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.76-1.82	2.6	0.401	1408	0.731	79.4
1.82-1.9	4	0.311	1729	0.753	99.1
1.9-1.98	4.8	0.217	1774	1.072	99.8
1.98-2.09	4.9	0.142	1756	1.053	99.9
2.09-2.22	4.9	0.1	1763	1.064	99.9
2.22-2.39	4.9	0.085	1778	1.093	99.9
2.39-2.63	4.9	0.052	1754	0.988	100
2.63-3.01	4.9	0.038	1782	0.972	100
3.01-3.79	4.9	0.037	1782	0.94	99.9
3.79-50	4.7	0.027	1751	0.929	96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
BioCARS	software	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TSU

1tsu

解像度: 1.76→53.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.246 / WR_factor R_work: 0.217 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.827 / SU B: 4.948 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.149 / SU R_free: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	872	5.1 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	-	98 %	-
all	-	79445	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.7 Å² / B_iso mean: 33.054 Å² / B_iso min: 18.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0.17 Å²	0 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→53.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1463	0	58	81	1602

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.7	2.051	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	3	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.2	5	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.829	25.217	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.438	15	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.27	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.188	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.105	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.207	1.5	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.253	1.5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.403	2	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.227	3	680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.909	4.5	569

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.81 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	47	-
R_work	0.267	1007	-
all	-	1054	-
obs	-	-	81.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4094	-0.1337	8.3079	6.3221	-4.7595	16.424	-0.0162	0.1604	-0.7332	-0.2015	0.0206	-0.2544	1.031	0.101	-0.0045	-0.0822	0.0053	0.0532	-0.1308	-0.0215	-0.0778	16.6973	-32.3545	-0.7123
2	6.3257	1.3416	0.327	8.3966	7.2241	18.0826	0.0732	-0.1856	-0.7484	-0.1639	-0.0775	-0.5699	0.5843	0.817	0.0043	-0.1333	0.0262	0.0153	-0.12	0.0492	-0.0532	19.6261	-30.6372	0.9666
3	12.3622	-3.3305	-20.3785	12.835	12.2362	44.0212	0.3319	0.9152	0.0879	-0.4225	-0.0249	0.3625	-0.3719	-1.6467	-0.307	-0.0471	-0.102	-0.0495	0.0193	-0.0249	-0.1045	6.9405	-28.5545	-5.9919
4	8.3614	1.5311	-4.0537	14.2368	-19.3843	41.7423	0.258	-0.4193	0.4416	0.8545	-0.2834	-0.3219	-1.4514	0.9459	0.0254	-0.1374	-0.0934	-0.0701	0.052	-0.0194	-0.138	21.799	-20.2705	6.4698
5	4.5264	1.3066	-3.4124	2.8919	-2.0568	3.0294	-0.0767	-0.3304	0.2086	0.1447	0.0799	-0.0213	-0.09	0.2427	-0.0032	-0.0917	-0.0634	0.0046	-0.0231	-0.0351	-0.0912	9.4813	-21.7061	5.3022
6	1.8543	3.7439	-0.5437	9.9253	-1.0332	15.5655	0.1946	-0.3656	0.1246	1.1792	-0.3207	1.2455	0.1535	-1.8456	0.1261	0.0598	-0.0238	0.2061	0.1938	-0.0654	0.1344	-2.4312	-18.8341	16.45
7	4.3121	1.6536	-2.8882	3.8026	-2.0709	3.6183	-0.0426	0.1101	0.1418	-0.3613	0.0398	0.253	0.2686	-0.1935	0.0027	-0.1056	-0.0604	-0.0275	-0.0224	0.0192	-0.1012	14.0059	-19.0251	-4.9786
8	12.5276	-1.6674	3.4877	0.2667	-1.5206	25.9075	-0.1018	1.0433	1.4163	-0.1071	-0.3615	-0.4586	-1.8066	1.1868	0.4634	0.0956	-0.0647	0.019	0.0115	0.1983	0.0972	17.5338	-7.2575	-15.5168
9	0.6686	2.2612	-1.544	19.8441	-2.4312	30.7993	0.3528	-0.1801	0.443	2.1222	-0.3772	0.3993	0.3871	0.1439	0.0243	0.0927	-0.1195	-0.024	-0.0909	-0.058	0.018	6.0819	-8.8435	11.2512
10	0.9218	4.0052	-2.0083	17.4023	-8.7257	4.3752	0.5455	0.1198	0.7985	1.0837	-1.1922	0.0908	-0.4492	0.1855	0.6467	0.0809	-0.0315	0.1314	-0.0237	0.0215	0.0825	4.5255	-8.0535	7.4796
11	20.2733	-3.9843	-4.6196	1.3315	-3.1336	30.8324	0.749	1.913	0.536	-0.1738	-0.5023	0.3993	0.2135	0.3292	-0.2467	-0.1248	0.0473	-0.0489	0.0764	-0.0227	-0.0203	4.6245	-9.6019	-10.9775
12	25.7316	3.1823	-18.0516	2.1265	-2.3066	29.209	0.4322	1.2902	1.4724	0.52	-0.1791	0.7934	-0.7846	-1.1079	-0.2532	-0.0754	0.0694	0.0765	-0.0479	0.1011	0.068	4.8145	-6.1925	-8.0667
13	6.8122	-11.5495	2.3331	25.9322	-4.7275	10.1229	0.0043	-0.6573	-0.1284	1.8561	0.1465	0.5378	-1.2573	-0.1669	-0.1509	0.0774	-0.0814	0.1422	-0.0581	-0.0731	-0.1627	2.6325	-17.7063	18.632
14	15.87	0.4639	-6.0681	11.8639	14.7802	64.4912	-0.2823	0.8095	-1.1715	-0.0418	0.0691	0.024	1.0348	0.5608	0.2132	-0.1488	-0.0506	-0.021	0.0571	0.0512	-0.0243	4.8977	-32.1772	12.7338
15	5.9941	-0.7419	0.6013	23.1142	-5.0078	10.0156	0.3452	-0.4128	-0.4636	0.5825	-0.4483	-0.6595	0.1887	0.4762	0.1031	-0.2043	-0.0714	0.0047	-0.0464	0.0426	-0.1439	7.685	-27.8279	15.3124
16	14.7028	-16.1329	-2.9783	22.7096	5.1812	9.4708	0.5748	1.3291	0.1026	-1.2904	-0.3566	-0.2137	-0.6971	-0.9697	-0.2182	-0.0638	0.0139	-0.0001	0.1362	0.1468	-0.1697	14.1276	-11.6639	-18.7968
17	26.6857	-2.4247	20.6443	24.2555	-22.3252	63.3168	0.218	-0.0315	-1.0874	0.9724	-0.2694	-0.9324	0.5778	0.8594	0.0513	-0.0551	-0.085	0.037	-0.1262	-0.0633	-0.0459	25.708	-20.4091	-12.7284
18	17.9381	-7.7314	-2.9619	11.3996	3.3909	8.6491	-0.1377	0.7786	-0.8934	-0.0553	0.0071	0.0152	0.3416	-0.1448	0.1306	-0.1527	-0.0927	0.0501	-0.1122	-0.0052	-0.1519	20.2627	-20.5978	-15.0162
19	4.4124	-0.894	-1.4073	8.344	0.1236	5.042	0.2771	0.354	0.2728	-0.0904	-0.2792	0.5386	-0.4967	-0.1862	0.0021	-0.1358	-0.0252	0.0136	-0.0641	0.0117	-0.0649	1.5574	-18.2553	5.551
20	6.426	-3.5865	0.4697	5.6442	-1.7564	4.569	-0.0641	0.0942	0.5978	0.5782	0.0232	0.1279	-0.4254	-0.2527	0.0409	-0.1115	-0.0505	0.0202	-0.0867	-0.0033	-0.0337	15.0057	-10.4777	-5.2682
21	8.7391	-3.8001	-5.7205	10.0669	-8.9619	19.3237	0.2981	-0.9775	-0.1223	0.5602	-0.4449	0.0509	-0.3635	0.589	0.1467	-0.1674	-0.0817	-0.0167	0.0769	0.033	-0.1366	13.7618	-25.7094	10.5037
22	13.5317	-3.3011	-12.1417	7.369	0.2676	16.44	-0.5234	0.9876	-0.1556	-0.285	0.2582	-0.1093	0.2806	-0.4611	0.2652	-0.0912	-0.1335	0.0152	-0.0553	-0.0338	-0.1421	15.3871	-24.7582	-10.207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	6 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	22 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	33 - 43
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	22 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 49
12	X-RAY DIFFRACTION	10	A	52 - 56
13	X-RAY DIFFRACTION	11	B	44 - 49
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	52 - 56
15	X-RAY DIFFRACTION	13	A	57 - 62
16	X-RAY DIFFRACTION	14	A	63 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	15	A	69 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	16	B	57 - 62
19	X-RAY DIFFRACTION	17	B	63 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	18	B	69 - 76
21	X-RAY DIFFRACTION	19	A	77 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	20	B	77 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	21	A	86 - 93
24	X-RAY DIFFRACTION	22	B	86 - 93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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