PDB-3lzk: The crystal structure of a probably aromatic amino acid degradati...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lzk

タイトル

The crystal structure of a probably aromatic amino acid degradation proteiN from Sinorhizobium meliloti 1021

要素

Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a probably aromatic amino acid degradation protein from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lzk.cif.gz	530.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lzk.ent.gz	454.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lzk_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lzk_full_validation.pdf.gz	477.7 KB	表示
XML形式データ	3lzk_validation.xml.gz	51.9 KB	表示
CIF形式データ	3lzk_validation.cif.gz	72.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4czu-1 5whm-1 3s1z-d 4ku2-d 1xo2-d 5xfm-1 2wze-2 3a9u-d 4kti-d 5vxf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC65442

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

B: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

C: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

D: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

B: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

D: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.773, 188.894, 67.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fumarylacetoacetate hydrolase family protein 分子量: 39245.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: R02938, SMc03207 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92LT4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG3350, 1/70 chymotrypsin, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→34 Å / Num. all: 107627 / Num. obs: 107627 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 32.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique all: 5016 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→33.601 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2265	5055	5.01 %	random
R_work	0.1855	-	-	-
obs	0.1876	100803	90.18 %	-
all	-	100803	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.677 Å² / k_sol: 0.307 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.352 Å²	-0 Å²	3.0026 Å²
2-	-	-10.8977 Å²	-0 Å²
3-	-	-	10.5456 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.601 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10325	0	4	425	10754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.052	14300
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.912	3868
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1901

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9678	0.319	408	0.2715	7898	X-RAY DIFFRACTION	75
1.9678-2.0466	0.2982	453	0.2403	8614	X-RAY DIFFRACTION	81
2.0466-2.1398	0.2606	443	0.2301	9088	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1398-2.2526	0.2838	497	0.2266	9475	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2526-2.3936	0.2832	517	0.2159	9653	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3936-2.5784	0.2792	516	0.2099	9906	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5784-2.8378	0.25	608	0.2139	10161	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8378-3.2481	0.2516	570	0.2061	10431	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2481-4.0911	0.2079	530	0.1687	10369	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0911-33.6066	0.1664	513	0.1416	10153	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2069	-0.4368	-0.0296	1.3212	-0.2597	0.5308	0.0806	-0.0234	-0.3481	0.0631	0.016	-0.0032	0.2536	0.0281	-0.1152	0.3343	0.0391	-0.1587	0.2388	-0.0016	0.5148	7.5982	27.641	34.5942
2	0.9152	-0.2755	-0.1225	1.1579	0.0622	0.8575	0.2644	0.0891	-0.3095	-0.6922	-0.1933	0.1298	0.2227	-0.0015	-0.0612	0.6319	0.1452	-0.1939	0.2401	-0.0903	0.4455	1.0026	35.5903	4.8562
3	1.8141	0.2579	0.6041	1.6194	-0.3167	0.677	-0.1121	0.038	0.2058	0.0222	0.0317	-0.2258	-0.1417	-0.0034	0.0687	0.2605	0.0172	0.0313	0.281	0.0033	0.2261	-0.149	84.2297	26.6508
4	2.7424	-0.1326	0.1738	1.2636	-0.0027	0.7436	-0.0601	-0.6647	-0.2973	0.2536	0.0574	0.3275	-0.0785	-0.2103	0.0128	0.2798	0.0691	0.123	0.5084	0.0872	0.3011	-22.9804	71.0196	43.9838

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	-2 - 337
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	-1 - 337
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	-5 - 337
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	-1 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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