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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lyv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a domain of ribosome-associated factor Y from streptococcus pyogenes serotype M6. Northeast Structural Genomics Consortium target id DR64A | ||||||
要素 | Ribosome-associated factor Y | ||||||
キーワード | CHAPERONE / ribosomal protein S30Ae family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Seetharaman, J. / Neely, H. / Forouhar, F. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Seetharaman, J. / Neely, H. / Forouhar, F. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a domain of ribosome-associated factor Y from streptococcus pyogenes serotype M6. Northeast Structural Genomics Consortium target id DR64A 著者: Seetharaman, J. / Neely, H. / Forouhar, F. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lyv.cif.gz | 71.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lyv.ent.gz | 59.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lyv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lyv_validation.pdf.gz | 470.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lyv_full_validation.pdf.gz | 484.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lyv_validation.xml.gz | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lyv_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7905.432 Da / 分子数: 6 / 断片: sequence database residues 126-182 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: serotype M6 / 遺伝子: M6_Spy1371 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5XAQ7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.14M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 27508 / Num. obs: 27508 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 25.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 24 / Num. unique all: 1387 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→47.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 156003.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.2825 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.22 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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