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- PDB-3lye: Crystal structure of oxaloacetate acetylhydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lye
タイトルCrystal structure of oxaloacetate acetylhydrolase
要素Oxaloacetate acetyl hydrolase
キーワードHYDROLASE / (alpha/beta)8 barrel
機能・相同性Phosphoenolpyruvate-binding domains / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Herzberg, O. / Chen, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of oxalacetate acetylhydrolase, a virulence factor of the chestnut blight fungus.
著者: Chen, C. / Sun, Q. / Narayanan, B. / Nuss, D.L. / Herzberg, O.
履歴
登録2010年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxaloacetate acetyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2244
ポリマ－33,1041
非ポリマー1203
水7,386410
1
A: Oxaloacetate acetyl hydrolase
ヘテロ分子

A: Oxaloacetate acetyl hydrolase
ヘテロ分子

A: Oxaloacetate acetyl hydrolase
ヘテロ分子

A: Oxaloacetate acetyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,89616
ポリマ－132,4154
非ポリマー48112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
Buried area20030 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area38420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.736, 82.736, 73.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-743-

HOH

21A-772-

HOH

31A-833-

HOH

41A-854-

HOH

51A-861-

HOH

61A-977-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oxaloacetate acetyl hydrolase


分子量: 33103.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fist four residues in the sequence are from the plasmid, not the source gene.
由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (菌類) / 遺伝子: OAH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: oxaloacetase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1 M HEPES pH7.5, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→45.9 Å / Num. all: 63521 / Num. obs: 58937 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 50.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FA3

3fa3


解像度: 1.3→45.9 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: Isotropic / 位相誤差: 14.14 / 詳細: HYDROGENS ARE REFINED AS RIDING MODEL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.166 3014 -
Rwork0.131 --
all-63521 -
obs-58937 92.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.59 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 3 410 2572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37887
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.71102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006673
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.35 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 175 -
Rwork0.249 0 -
obs--57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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