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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lye | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oxaloacetate acetylhydrolase | ||||||
要素 | Oxaloacetate acetyl hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / (alpha/beta)8 barrel | ||||||
機能・相同性 | Phosphoenolpyruvate-binding domains / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Herzberg, O. / Chen, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structure of oxalacetate acetylhydrolase, a virulence factor of the chestnut blight fungus. 著者: Chen, C. / Sun, Q. / Narayanan, B. / Nuss, D.L. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lye.cif.gz | 141.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lye.ent.gz | 108.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lye.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lye_validation.pdf.gz | 425.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lye_full_validation.pdf.gz | 428.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lye_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lye_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lye | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33103.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fist four residues in the sequence are from the plasmid, not the source gene. 由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (菌類) / 遺伝子: OAH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: oxaloacetase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG 400, 0.1 M HEPES pH7.5, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→45.9 Å / Num. all: 63521 / Num. obs: 58937 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 36.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 50.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3FA3 解像度: 1.3→45.9 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: Isotropic / 位相誤差: 14.14 / 詳細: HYDROGENS ARE REFINED AS RIDING MODEL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.59 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å
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