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万見
- PDB-3ly2: Catalytic Domain of Human Phosphodiesterase 4B in Complex with A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ly2
タイトルCatalytic Domain of Human Phosphodiesterase 4B in Complex with A Coumarin-Based Inhibitor
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PDE4B / COUMARIN / INHIBITOR / HYDROLASE / Metal-binding / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration ...negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / excitatory synapse / DARPP-32 events / : / cAMP binding / neutrophil chemotaxis / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / calcium channel regulator activity / cellular response to xenobiotic stimulus / Z disc / positive regulation of type II interferon production / synaptic vesicle / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / centrosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z72 / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Shiau, A.K. / Coyle, A.R. / Hsien, J.H. / Staszewski, L.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Water-soluble PDE4 inhibitors for the treatment of dry eye.
著者: Govek, S.P. / Oshiro, G. / Anzola, J.V. / Beauregard, C. / Chen, J. / Coyle, A.R. / Gamache, D.A. / Hellberg, M.R. / Hsien, J.N. / Lerch, J.M. / Liao, J.C. / Malecha, J.W. / Staszewski, L.M. ...著者: Govek, S.P. / Oshiro, G. / Anzola, J.V. / Beauregard, C. / Chen, J. / Coyle, A.R. / Gamache, D.A. / Hellberg, M.R. / Hsien, J.N. / Lerch, J.M. / Liao, J.C. / Malecha, J.W. / Staszewski, L.M. / Thomas, D.J. / Yanni, J.M. / Noble, S.A. / Shiau, A.K.
履歴
登録2010年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
C: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
D: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
E: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
F: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
G: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
H: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,44334
ポリマ－328,1638
非ポリマー4,28026
水8,899494
1
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6275
ポリマ－41,0201
非ポリマー6074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6275
ポリマ－41,0201
非ポリマー6074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5314
ポリマ－41,0201
非ポリマー5113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5314
ポリマ－41,0201
非ポリマー5113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5314
ポリマ－41,0201
非ポリマー5113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5314
ポリマ－41,0201
非ポリマー5113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5314
ポリマ－41,0201
非ポリマー5113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5314
ポリマ－41,0201
非ポリマー5113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.796, 233.964, 165.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B / DPDE4 / PDE32


分子量: 41020.348 Da / 分子数: 8 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, residues 324-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPDE4, PDE4B / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q07343, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 520分子

#2: 化合物
ChemComp-Z72 / 8-(cyclopentyloxy)-4-[(3,5-dichloropyridin-4-yl)amino]-7-methoxy-2H-chromen-2-one


分子量: 421.274 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18Cl2N2O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8-2.0M AMMONIUM SULFATE, 1-2% PEG 400, 0.1M SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月30日
放射モノクロメーター: SI(220) ASYMMETRIC CURVED CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.84 Å / Num. all: 127998 / Num. obs: 127998 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 6371 / Rsym value: 0.781 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
CNX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XM4

1xm4


解像度: 2.6→49.84 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ADDITIONAL DENSITY, LIKELY CORRESPONDING TO PARTIAL OCCUPANCY OF A CACODYLATE ION (SEE PDB 1F0J), IS EVIDENT NEAR THE BINUCLEAR METAL CLUSTER. NO ATTEMPT WAS MADE TO MODEL THIS DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 6404 -RANDOM
Rwork0.205 ---
all-127269 --
obs-127269 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.25 Å24.56 Å2-1.31 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21521 0 250 494 22265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 310 -
Rwork0.288 --
obs-6277 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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