PDB-3lxx: Crystal structure of human GTPase IMAP family member 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lxx

タイトル

Crystal structure of human GTPase IMAP family member 4

要素

GTPase IMAP family member 4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / structural genomics consortium / SGC / Coiled coil / GTP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Shen, Y. / Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human GTPase IMAP family member 4
著者: Shen, Y. / Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Andrews, D.W. / Park, H.

履歴

登録	2010年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lxx.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lxx.ent.gz	60.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lxx_validation.pdf.gz	763.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lxx_full_validation.pdf.gz	763.2 KB	表示
XML形式データ	3lxx_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	3lxx_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v70
類似構造データ	4jzt-d 4lzu-1 6v8m-d 4kqc-d 4aty-d 3ph6-d 7bf8-d 6jf8-2 4caj-1 4qrm-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GTPase IMAP family member 4

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTPase IMAP family member 4

ヘテロ分子

A: GTPase IMAP family member 4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.266, 102.663, 100.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	GTPase IMAP family member 4 / Immunity-associated protein 4 / Immunity-associated nucleotide 1 protein / IAN-1 / hIAN1 分子量: 27327.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GIMAP4, IAN1, IMAP4, MSTP062 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9NUV9
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8 詳細: 25% PEG-3350, 0.25M sodium/potassium tartrate, 0.1M Hepes. 1:100 dispase was added, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	0.98013
シンクロトロン	APS	23-ID-B	2	0.97948

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2009年11月21日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2009年11月19日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98013	1
2	0.97948	1

反射

解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 11706 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.916 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	2.8	0.356	439	1.506	73
2.19-2.23	3.4	0.4	484	1.44	82.9
2.23-2.27	4.2	0.383	528	1.494	89.3
2.27-2.32	4.6	0.303	570	1.485	93.1
2.32-2.37	5.2	0.272	561	1.373	97.4
2.37-2.42	5.5	0.264	599	1.357	98.7
2.42-2.48	6	0.229	577	1.358	99.8
2.48-2.55	6.4	0.2	607	1.412	99.5
2.55-2.62	6.6	0.166	596	1.398	100
2.62-2.71	7	0.149	595	1.37	100
2.71-2.8	7.1	0.132	604	1.364	100
2.8-2.92	7.2	0.103	599	1.61	100
2.92-3.05	7.2	0.093	603	1.763	100
3.05-3.21	7.3	0.075	610	1.909	100
3.21-3.41	7.2	0.063	603	2.017	100
3.41-3.67	7.1	0.053	611	2.208	100
3.67-4.04	7.1	0.051	618	2.733	100
4.04-4.61	7.1	0.046	625	2.94	100
4.61-5.79	6.9	0.045	626	2.793	100
5.79-20	6.3	0.041	651	3.16	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→19.088 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.278 / WR_factor R_work: 0.242 / SU B: 12.83 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	564	4.856 %	RANDOM
R_work	0.252	-	-	-
obs	0.254	11614	96.864 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.778 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.467 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.763 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.088 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1229	0	31	17	1277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.262	1.997	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.854	3	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.441	5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.799	22.889	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.01	15	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.339	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.574	1.5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.115	1.5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.11	2	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.817	3	441
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.778	4.5	419

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.205	0.481	42	0.336	635	864	78.356
2.205-2.265	0.42	45	0.305	681	832	87.26
2.265-2.329	0.415	34	0.298	734	815	94.233
2.329-2.4	0.371	42	0.268	753	806	98.635
2.4-2.477	0.356	49	0.27	710	763	99.476
2.477-2.563	0.252	29	0.255	715	747	99.598
2.563-2.658	0.316	43	0.253	680	723	100
2.658-2.764	0.374	32	0.267	687	719	100
2.764-2.884	0.31	29	0.254	630	659	100
2.884-3.021	0.291	30	0.251	610	640	100
3.021-3.18	0.339	26	0.252	594	620	100
3.18-3.368	0.239	23	0.256	555	578	100
3.368-3.592	0.253	18	0.225	537	555	100
3.592-3.869	0.192	29	0.223	491	520	100
3.869-4.22	0.249	22	0.21	472	494	100
4.22-4.69	0.283	24	0.193	409	433	100
4.69-5.362	0.216	18	0.246	378	396	100
5.362-6.441	0.424	13	0.286	330	343	100
6.441-8.631	0.351	9	0.315	271	282	99.291
8.631-19.088	0.263	7	0.3	178	201	92.04

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.1023 Å / Origin y: 36.3916 Å / Origin z: 11.1784 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0679 Å²	-0.0281 Å²	0.0254 Å²	-	0.0404 Å²	-0.0147 Å²	-	-	0.0591 Å²
L	2.4764 °²	-0.4899 °²	0.7444 °²	-	3.0016 °²	0.0434 °²	-	-	5.0453 °²
S	0.0047 Å °	-0.0388 Å °	-0.0838 Å °	-0.1177 Å °	-0.0751 Å °	0.2505 Å °	0.341 Å °	-0.3253 Å °	0.0704 Å °

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