PDB-3lxf: Crystal Structure of [2Fe-2S] Ferredoxin Arx from Novosphingobium...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lxf

タイトル

Crystal Structure of [2Fe-2S] Ferredoxin Arx from Novosphingobium aromaticivorans

要素

Ferredoxin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / [2Fe-2S] Ferredoxin / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yang, W. / Bell, S.G. / Wang, H. / Bartlam, M. / Wong, L.L. / Rao, Z.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Molecular characterization of a class I P450 electron transfer system from Novosphingobium aromaticivorans DSM12444
著者: Yang, W. / Bell, S.G. / Wang, H. / Zhou, W. / Hoskins, N. / Dale, A. / Bartlam, M. / Wong, L.L. / Rao, Z.

履歴

登録	2010年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lxf.cif.gz	196.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lxf.ent.gz	167 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lxf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lxf_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lxf_full_validation.pdf.gz	476.3 KB	表示
XML形式データ	3lxf_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	3lxf_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/3lxf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lxdC 3lxhC 3lxiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v9f-1 6yc0-d 6n2p-d 4ezc-d 6yc4-d 3j6j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (6) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (7) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (6)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (7)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Ferredoxin

B: Ferredoxin

C: Ferredoxin

D: Ferredoxin

E: Ferredoxin

ヘテロ分子

56.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferredoxin

B: Ferredoxin

C: Ferredoxin

D: Ferredoxin

E: Ferredoxin

ヘテロ分子

A: Ferredoxin

B: Ferredoxin

C: Ferredoxin

D: Ferredoxin

E: Ferredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.554, 78.788, 89.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ferredoxin / [2Fe-2S] Ferredoxin Arx 分子量: 11057.389 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 17-120 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) 株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_1477 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2G8A3
#2: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月21日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 34645 / Num. obs: 34610 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3472 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0044	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→28.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 11.244 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23929	1742	5 %	RANDOM
R_work	0.1998	-	-	-
obs	0.20184	32868	99.57 %	-
all	-	33010	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.905 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	-0 Å²	-0.43 Å²
2-	-	0.85 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3825	0	20	134	3979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3885
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	2.005	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.827	5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.799	25	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.954	15	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.455	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.666	1.5	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.286	2	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.242	3	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.746	4.5	1115

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	117	-
R_work	0.277	2312	-
obs	-	-	94.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4075	-0.5121	-0.2025	0.6961	-0.2508	1.2013	0.0259	0.0121	0.0118	0.011	-0.007	-0.0192	-0.0525	-0.061	-0.0188	0.003	0.0029	-0.0048	0.0278	0.0004	0.0757	9.6016	38.8527	-33.6104
2	1.3211	0.3171	-0.2967	1.4535	-0.5774	1.3575	0.0664	-0.0864	0.0566	0.0782	-0.019	0.0962	-0.0576	0.1123	-0.0474	0.0102	0.0064	-0.0003	0.0567	-0.027	0.0208	31.9423	34.1201	-16.7957
3	1.0017	-0.1607	-0.292	0.7677	0.0946	1.2168	0.0024	-0.1444	-0.0045	-0.0465	-0.0392	-0.0166	0.1162	0.0322	0.0368	0.0593	0.02	-0.003	0.0616	0.0201	0.0186	35.4863	6.7834	-14.0115
4	1.9552	0.38	0.1711	0.7246	0.2239	1.0978	0.0219	0.0481	0.0074	0.0683	-0.0357	0.0671	0.0862	-0.0142	0.0138	0.0477	-0.0441	0.0092	0.0476	-0.0111	0.0381	-0.4812	13.6883	-41.1134
5	1.9228	0.014	-0.3694	0.7431	0.3834	1.4576	0.0739	-0.1375	-0.3254	0.0172	-0.0598	0.063	0.1423	-0.0816	-0.0141	0.106	-0.0464	-0.0553	0.0306	0.0381	0.0891	15.4391	-6.6763	-29.0575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 105

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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