PDB-3lwi: Crystal structure of Cren7-dsDNA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lwi

タイトル

Crystal structure of Cren7-dsDNA complex

要素

Chromatin protein Cren7
DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / beta-sheet / DNA-binding / Methylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosome / double-stranded DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhang, Z.F. / Gong, Y. / Guo, L. / Jiang, T. / Huang, L.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the interaction of the crenarchaeal chromatin protein Cren7 with DNA
著者: Zhang, Z.F. / Gong, Y. / Guo, L. / Jiang, T. / Huang, L.

履歴

登録	2010年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lwi.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lwi.ent.gz	39.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lwi_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lwi_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	3lwi_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	3lwi_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lwhC 2jtmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wvz-2 5k17-2 5wvy-1 5wvw-1 5wvy-2 5wvz-1 4r56-2 5wvw-2 3lwh-d 4r56-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chromatin protein Cren7

B: Chromatin protein Cren7

C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

23.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chromatin protein Cren7

C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chromatin protein Cren7

E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.443, 77.232, 105.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	E
1	3	D
2	3	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	1 - 8
2	1	1	2	B	1 - 8
1	2	1	2	A	10 - 60
2	2	1	2	B	10 - 60
1	1	2	1	C	101 - 108
2	1	2	1	E	101 - 108
1	1	3	1	D	109 - 116
2	1	3	1	F	109 - 116

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Chromatin protein Cren7 分子量: 6677.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: creN7, SSO6901 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) plysS / 参照: UniProt: Q97ZE3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPAPTPCPGPC)-3') 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: 30% PEG1500, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 15270 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 39.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / R_sym value: 0.32 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JTM

2jtm

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 9.626 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23351	721	5 %	RANDOM
R_work	0.20335	-	-	-
all	0.20489	13592	-	-
obs	0.20489	13592	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.581 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	914	644	0	115	1673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	2.479	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.704	5	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.356	23.333	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.075	15	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.028	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.099	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.728	1.5	596
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.848	2	942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.965	3	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.411	4.5	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	228	tight positional	0.04	0.05
2	C	161	tight positional	0.01	0.05
3	D	161	tight positional	0.01	0.05
1	A	220	medium positional	0.29	0.5
1	A	228	tight thermal	0.02	0.5
2	C	161	tight thermal	0.04	0.5
3	D	161	tight thermal	0.04	0.5
1	A	220	medium thermal	0.13	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	48	-
R_work	0.281	980	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.9928	-2.7664	2.9999	5.2775	-0.5727	6.5166	0.1597	0.0026	0.8069	-0.3271	-0.3009	0.7005	-0.6675	-1.1171	0.1411	-0.0451	0.1081	-0.0391	0.005	-0.1187	-0.0584	16.977	21.904	-32.863
2	12.7916	3.486	3.1164	8.8829	2.2673	6.9901	-0.1965	0.2195	0.2828	-0.1561	-0.0419	0.9109	-0.0123	-0.5411	0.2384	-0.1546	0.0794	-0.0426	-0.0599	-0.0389	-0.2111	18.082	17.813	-34.669
3	5.1234	2.7851	0.2213	12.9299	2.0231	6.368	-0.1588	0.3276	-0.7183	-0.0368	0.076	0.6429	1.0417	-0.7248	0.0829	-0.0332	-0.1038	0.1081	-0.0301	-0.0532	-0.0601	16.82	16.885	-6.607
4	12.0008	-6.384	-2.9113	13.7184	4.7422	6.6347	-0.0615	0.2632	-0.9353	-0.1856	-0.1375	0.3859	0.528	-0.0977	0.1991	-0.0489	-0.0887	0.0433	-0.1481	-0.0222	-0.2172	20.875	18.027	-8.407
5	5.4929	1.2241	0.3201	2.8758	1.2474	4.012	-0.0229	0.1981	-0.1292	-0.2654	-0.0111	-0.1093	0.0618	0.1458	0.0339	-0.188	-0.0081	-0.0179	-0.1624	-0.0165	-0.2562	28.46	12.71	-36.695
6	2.9935	-1.6242	-1.419	6.0164	0.5178	3.4096	-0.0358	0.2174	0.0872	-0.203	0.0323	-0.0945	-0.1251	0.094	0.0035	-0.16	0.0123	0.0049	-0.1696	-0.009	-0.2593	25.99	28.389	-10.44

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	8 - 12
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	15 - 29
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	36 - 43
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	47 - 53
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	101 - 108
10	X-RAY DIFFRACTION	5	D	109 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	6	E	101 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	109 - 116

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