PDB-3lwb: Crystal Structure of apo D-alanine:D-alanine Ligase (Ddl) from My...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lwb

タイトル

Crystal Structure of apo D-alanine:D-alanine Ligase (Ddl) from Mycobacterium tuberculosis

要素

D-alanine--D-alanine ligase

キーワード

LIGASE / D-alanine--D-alanine Ligase / Ddl / D-alanyl--D-alanine Ligase / Rv2981c / D-alanine / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / ATP-binding / Cell shape / Cell wall biogenesis / degradation / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Nucleotide-binding / Peptidoglycan synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bruning, J.B. / Murillo, A.C. / Chacon, O. / Barletta, R.G. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Mycobacterium tuberculosis D-Alanine:D-Alanine Ligase, a Target of the Antituberculosis Drug D-Cycloserine.
著者: Bruning, J.B. / Murillo, A.C. / Chacon, O. / Barletta, R.G. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2010年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lwb.cif.gz	249.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lwb.ent.gz	198.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lwb_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lwb_full_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示
XML形式データ	3lwb_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	3lwb_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i87S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2va6-1 2va5-1 4hg2-d 3c94-d 6nfz-d 2bbs-d 3phg-d 2iuy-d 4y9u-2 6nq4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Rv2981c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (13) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (12) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-alanine--D-alanine ligase

B: D-alanine--D-alanine ligase

ヘテロ分子

79.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.720, 108.302, 69.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D-alanine--D-alanine ligase / D-alanylalanine synthetase / D-Ala-D-Ala ligase 分子量: 39754.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gateway MBP fusion clone 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: ddl, ddlA, MT3059, MTCY349.06, Rv2981c / プラスミド: pVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P95114, UniProt: P9WP31*PLUS, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Well solution consisted of 20% PEG 3350, 0.1M potassium nitrate. 1uL of well solution was mixed with 1uL protein solution (10mg/mL) and equilibrated over 500uL well solution., pH 8, VAPOR ...詳細: Well solution consisted of 20% PEG 3350, 0.1M potassium nitrate. 1uL of well solution was mixed with 1uL protein solution (10mg/mL) and equilibrated over 500uL well solution., pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.67 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Well solution consisted of 20% PEG 3350, 0.1M potassium nitrate. 1uL of well solution was mixed with 1uL protein solution (10mg/mL) and equilibrated over 500uL well solution., pH 8, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96411 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96411 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 40957 / Num. obs: 40957 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 34.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / R_sym value: 0.052 / Χ²: 1.162 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3686 / R_sym value: 0.406 / Χ²: 1.106 / % possible all: 84.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: homology model derived from PDB ENTRY 2I87

2i87

解像度: 2.1→19.203 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.834 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	1896	4.89 %	random
R_work	0.173	-	-	-
all	-	38758	-	-
obs	-	38758	88.75 %	-

溶媒の処理

B_sol: 66.984 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.9 Å² / B_iso mean: 45.294 Å² / B_iso min: 16.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.401 Å²	-0 Å²	-0.404 Å²
2-	-	0.82 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.203 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4510	0	8	383	4901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.622	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.793	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.063	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Num. reflection obs	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.1-2.109	0.291	335	X-RAY DIFFRACTION	335	74	57
2.109-2.119	0.302	373	X-RAY DIFFRACTION	373	74	65
2.119-2.129	0.269	415	X-RAY DIFFRACTION	415	74	69
2.129-2.139	0.266	423	X-RAY DIFFRACTION	423	74	73
2.139-2.149	0.269	424	X-RAY DIFFRACTION	424	74	70
2.149-2.16	0.25	415	X-RAY DIFFRACTION	415	74	70
2.16-2.171	0.259	411	X-RAY DIFFRACTION	411	74	72
2.171-2.181	0.247	427	X-RAY DIFFRACTION	427	74	73
2.181-2.193	0.245	420	X-RAY DIFFRACTION	420	74	74
2.193-2.204	0.235	465	X-RAY DIFFRACTION	465	74	77
2.204-2.215	0.224	426	X-RAY DIFFRACTION	426	74	76
2.215-2.227	0.22	472	X-RAY DIFFRACTION	472	74	75
2.227-2.239	0.222	390	X-RAY DIFFRACTION	390	74	69
2.239-2.252	0.231	452	X-RAY DIFFRACTION	452	74	75
2.252-2.264	0.225	476	X-RAY DIFFRACTION	476	74	81
2.264-2.277	0.2	431	X-RAY DIFFRACTION	431	74	77
2.277-2.29	0.195	440	X-RAY DIFFRACTION	440	74	76
2.29-2.304	0.206	476	X-RAY DIFFRACTION	476	74	78
2.304-2.318	0.19	447	X-RAY DIFFRACTION	447	74	76
2.318-2.332	0.19	457	X-RAY DIFFRACTION	457	74	80
2.332-2.346	0.177	456	X-RAY DIFFRACTION	456	74	76
2.346-2.362	0.17	463	X-RAY DIFFRACTION	463	74	79
2.362-2.377	0.171	491	X-RAY DIFFRACTION	491	74	81
2.377-2.392	0.178	459	X-RAY DIFFRACTION	459	74	80
2.392-2.409	0.172	454	X-RAY DIFFRACTION	454	74	81
2.409-2.425	0.158	476	X-RAY DIFFRACTION	476	74	80
2.425-2.442	0.175	468	X-RAY DIFFRACTION	468	74	80
2.442-2.46	0.18	500	X-RAY DIFFRACTION	500	74	79
2.46-2.478	0.165	470	X-RAY DIFFRACTION	470	74	82
2.478-2.496	0.17	483	X-RAY DIFFRACTION	483	74	85
2.496-2.516	0.159	483	X-RAY DIFFRACTION	483	74	83
2.516-2.535	0.168	486	X-RAY DIFFRACTION	486	74	82
2.535-2.556	0.19	492	X-RAY DIFFRACTION	492	74	83
2.556-2.577	0.185	487	X-RAY DIFFRACTION	487	74	82
2.577-2.599	0.186	508	X-RAY DIFFRACTION	508	74	86
2.599-2.621	0.174	507	X-RAY DIFFRACTION	507	74	86
2.621-2.645	0.167	473	X-RAY DIFFRACTION	473	74	84
2.645-2.669	0.186	532	X-RAY DIFFRACTION	532	74	87
2.669-2.694	0.188	491	X-RAY DIFFRACTION	491	74	85
2.694-2.72	0.176	521	X-RAY DIFFRACTION	521	74	84
2.72-2.747	0.174	512	X-RAY DIFFRACTION	512	74	89
2.747-2.775	0.179	517	X-RAY DIFFRACTION	517	74	88
2.775-2.805	0.202	507	X-RAY DIFFRACTION	507	74	88
2.805-2.835	0.188	519	X-RAY DIFFRACTION	519	74	88
2.835-2.868	0.186	526	X-RAY DIFFRACTION	526	74	87
2.868-2.901	0.175	511	X-RAY DIFFRACTION	511	74	90
2.901-2.936	0.165	527	X-RAY DIFFRACTION	527	74	89
2.936-2.973	0.186	524	X-RAY DIFFRACTION	524	74	90
2.973-3.012	0.183	553	X-RAY DIFFRACTION	553	74	91
3.012-3.053	0.191	548	X-RAY DIFFRACTION	548	74	91
3.053-3.097	0.179	535	X-RAY DIFFRACTION	535	74	93
3.097-3.143	0.171	536	X-RAY DIFFRACTION	536	74	91
3.143-3.192	0.167	561	X-RAY DIFFRACTION	561	74	94
3.192-3.244	0.183	551	X-RAY DIFFRACTION	551	74	93
3.244-3.3	0.183	530	X-RAY DIFFRACTION	530	74	93
3.3-3.359	0.167	552	X-RAY DIFFRACTION	552	74	93
3.359-3.424	0.166	565	X-RAY DIFFRACTION	565	74	92
3.424-3.493	0.164	530	X-RAY DIFFRACTION	530	74	94
3.493-3.569	0.148	567	X-RAY DIFFRACTION	567	74	94
3.569-3.651	0.166	568	X-RAY DIFFRACTION	568	74	94
3.651-3.742	0.161	549	X-RAY DIFFRACTION	549	74	94
3.742-3.842	0.152	546	X-RAY DIFFRACTION	546	74	94
3.842-3.954	0.142	556	X-RAY DIFFRACTION	556	74	93
3.954-4.081	0.149	559	X-RAY DIFFRACTION	559	74	94
4.081-4.225	0.147	550	X-RAY DIFFRACTION	550	74	94
4.225-4.392	0.144	566	X-RAY DIFFRACTION	566	74	94
4.392-4.589	0.129	565	X-RAY DIFFRACTION	565	74	94
4.589-4.828	0.132	540	X-RAY DIFFRACTION	540	74	94
4.828-5.125	0.145	581	X-RAY DIFFRACTION	581	74	95
5.125-5.512	0.167	550	X-RAY DIFFRACTION	550	74	95
5.512-6.051	0.19	566	X-RAY DIFFRACTION	566	74	95
6.051-6.891	0.182	566	X-RAY DIFFRACTION	566	74	94
6.891-8.552	0.154	585	X-RAY DIFFRACTION	585	74	95
8.552-19.204	0.17	569	X-RAY DIFFRACTION	569	74	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8244	0.187	0.0426	0.8305	-0.1246	0.4929	-0.0357	-0.0533	0.226	0.1454	0.0107	0.1164	-0.1717	-0.0181	0.0258	0.1148	0.0085	0.0032	0.0563	-0.0015	0.1175	19.1404	12.0113	1.9266
2	0.7541	-0.1292	0.483	0.5992	-0.7162	1.0906	0.0409	0.0518	-0.0571	-0.0579	-0.0297	0.008	0.201	0.0277	-0.0099	0.1252	-0.0032	0.0066	0.035	-0.0172	0.1094	16.1267	-3.0499	-2.4732
3	2.7205	0.0973	-2.4217	0.6435	-0.3755	1.4012	0.5905	-0.1627	0.4739	-0.3491	0.1334	-0.0767	-0.6788	0.4941	-0.4717	0.7596	-0.0817	0.1832	0.702	-0.1233	0.5283	18.1185	20.5808	33.6831
4	1.1168	0.0291	0.2416	0.4999	0.0677	2.443	-0.0058	-0.0947	0.0452	0.0461	0.0493	0.012	0.1143	0.203	-0.0403	0.0968	0.0526	0.0147	0.1513	-0.0101	0.1029	-0.6611	6.436	25.1753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 7:187)	A	7 - 187
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 188:368)	A	188 - 368
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 10:129)	B	10 - 129
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 130:373)	B	130 - 373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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