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万見
- PDB-3lw5: Improved model of plant photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lw5
タイトルImproved model of plant photosystem I
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 2
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 4
  • (Putative uncharacterized ...) x 5
  • AT3g54890
  • CHAIN R
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • Photosystem I-N subunit
  • Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Electron transfer / Membrane proteins / Large / 2 Complexes / Chlorophyll / Chloroplast / Chromophore / Electron transport / Iron / Iron-sulfur / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Photosystem I / Thylakoid / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / phosphoprotein binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein fold / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll a-b binding protein like / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; ...Chlorophyll A-B binding protein fold / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll a-b binding protein like / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Single helix bin / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI / Photosystem I reaction center subunit IX ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit V / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Nelson, N. / Toporik, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure determination and improved model of plant photosystem I
著者: Amunts, A. / Toporik, H. / Borovikova, A. / Nelson, N.
履歴
登録2010年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月1日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / software
Item: _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 ..._pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.02021年9月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Putative uncharacterized protein
E: Putative uncharacterized protein
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Putative uncharacterized protein
H: Putative uncharacterized protein
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
L: Putative uncharacterized protein
N: Photosystem I-N subunit
R: CHAIN R
1: AT3g54890
2: Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)550,200270
ポリマ－354,72618
非ポリマー195,474252
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.655, 189.086, 129.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA / PSI-A


分子量: 82022.758 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-758 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05310
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB / PSI-B


分子量: 82359.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P05311

-
タンパク質 , 5種, 5分子 CNR12

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I subunit VII / 9 kDa polypeptide / PSI-C / PsaC


分子量: 8991.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793
#13: タンパク質 Photosystem I-N subunit


分子量: 9767.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K7*PLUS
#14: タンパク質 CHAIN R


分子量: 4528.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) unidentified (未定義)
#15: タンパク質 AT3g54890


分子量: 18616.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L2*PLUS
#16: タンパク質 Type II chlorophyll a/b binding protein from photosystem I


分子量: 19528.191 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 94-269 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038

-
Putative uncharacterized ... , 5種, 5分子 DEGHL

#4: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Photosystem I subunit PsaD


分子量: 15557.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K8*PLUS
#5: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 7270.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K6*PLUS
#7: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 10456.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P20120*PLUS
#8: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 7314.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9K9*PLUS
#12: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 17059.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L1*PLUS

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 4種, 4分子 FIJK

#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / PSI-F


分子量: 17299.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P12355*PLUS
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3270.042 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-30 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4793.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L0*PLUS
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X psaK


分子量: 8462.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: E1C9L3*PLUS

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Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 34

#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / LHCII type III CAB-3


分子量: 18723.426 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 84-255 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32904
#18: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / LHCI type III CAB-P4


分子量: 18704.330 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 81-246 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2

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糖 , 1種, 53分子

#22: 糖...
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 5種, 199分子

#19: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#20: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#21: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#23: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#24: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細MISSING ALANINE OF THIS POSITION IN CHAIN 4 IS CORRECT BECAUSE IN ALL THE OTHER PLANTS INCLUDING ...MISSING ALANINE OF THIS POSITION IN CHAIN 4 IS CORRECT BECAUSE IN ALL THE OTHER PLANTS INCLUDING ARABIDOPSIS IT IS MISSING. THE AUTHOR CAN NOT ASSIGN TO THE SEQRES OF CHAIN R. ABOUT CHAIN D, E, F, G, H, J, K, L, N, 1, THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WHICH DERIVES FROM PEA DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 22.5mM MES BIS-TRIS, 10mM SUCCINIC ACID, 6% PEG6000, 0.015% DTM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 82447

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5 Å49.14 Å
Translation5 Å49.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WSC

2wsc


解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.792 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.743 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 50.537 / SU ML: 0.884 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.857 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.383 4344 5 %RANDOM
Rwork0.349 ---
obs0.351 82447 99.46 %-
原子変位パラメータBiso max: 75.43 Å2 / Biso mean: 23.073 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.62 Å20 Å2-1.43 Å2
2---7.81 Å20 Å2
3---9.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24732 0 11638 0 36370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02138548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.7572.33654957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg26.85253108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.19723.4381085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.575153836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.06615105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.5150.25004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02135040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4161.515697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.612225009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.568322362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4124.528722
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.485 276 -
Rwork0.496 5893 -
all-6169 -
obs--97.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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