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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lve | ||||||
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タイトル | LEN Q38E MUTANT: A DOMAIN FLIP FROM A SINGLE AMINO ACID SUBSTITUTION | ||||||
要素 | LEN | ||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN / KAPPA-IV / LIGHT CHAIN DIMER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Schiffer, M. / Pokkuluri, P.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: A domain flip as a result of a single amino-acid substitution. 著者: Pokkuluri, P.R. / Huang, D.B. / Raffen, R. / Cai, X. / Johnson, G. / Stevens, P.W. / Stevens, F.J. / Schiffer, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lve.cif.gz | 38 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lve.ent.gz | 25.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lve.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lve_validation.pdf.gz | 410 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lve_full_validation.pdf.gz | 410.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lve_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lve_validation.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lve | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12650.997 Da / 分子数: 1 / 変異: Q38E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KAPPA-IV LIGHT CHAIN DIMER / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH-5ALPHA / 参照: UniProt: P01625, UniProt: P06312*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→99 Å / Num. obs: 8076 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 40 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LVE 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0095 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 49 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 詳細: LYS-24 SIDE CHAIN BEYOND CB IS NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY MAPS AND HENCE OCCUPANCY OF THE ATOMS CG, CD, CE AND NZ ARE SET TO ZERO IN THE COORDINATE FILE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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