PDB-3lv9: Crystal structure of CBS domain of a putative transporter from Cl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lv9

タイトル

Crystal structure of CBS domain of a putative transporter from Clostridium difficile 630

要素

Putative transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / CBS domain / PSI / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Cell membrane / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile 630 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Nocek, B. / Tesar, C. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CBS domain of a putative transporter from Clostridium difficile 630
著者: Nocek, B. / Tesar, C. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / MCSG

履歴

登録	2010年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lv9.cif.gz	41.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lv9.ent.gz	29 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/3lv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5yz2-d 4qpv-2 3nqr-1 6yja-d 1vr9-d 3ddj-d 2o16-3 6xnu-d 4qlr-d 6yj7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc62621.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (2) #140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (2)
#140 - 2011年8月
ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG)
類似性 (4)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative transporter

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative transporter

ヘテロ分子

A: Putative transporter

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.641, 43.641, 127.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

authors state that the biological assembly is likely monomer

#1: タンパク質	Putative transporter 分子量: 17315.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile 630 (バクテリア) プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23-DE3 / 参照: UniProt: Q183U2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2 M sodium Chloride 0.1M Na/K phosphate 50% PEG200, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 6540 / Num. obs: 6532 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 68.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 320 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
直接法		モデル構築
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 20.364 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26241	271	4.6 %	RANDOM
R_work	0.20136	-	-	-
all	0.21	5912	-	-
obs	0.20423	5641	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.61 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1037	0	5	13	1055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.994	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.243	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.053	24.808	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.721	15	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.169	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.76	1.5	654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.158	1.5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.521	2	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.456	3	419
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.099	4.5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.163	19	-
R_work	0.174	404	-
obs	-	-	98.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.0256	3.7797	8.6241	-0.2825	-3.4302	23.9723	-0.1438	0.151	1.6426	0.6917	-0.1572	0.2916	-0.6003	0.1059	0.301	0.9796	-0.0951	-0.0797	0.0411	-0.0925	0.3731	17.4083	25.528	17.5677
2	2.4412	1.036	-0.5482	2.4174	0.2222	1.1211	0.012	-0.0025	0.0772	0.021	-0.0023	-0.0209	-0.0517	0.1687	-0.0097	0.2672	0.0021	-0.0042	0.1797	0.0156	0.199	22.4143	11.4414	7.9966
3	2.9029	1.877	-0.7884	4.9273	0.3372	5.2309	-0.0201	0.0819	-0.0473	-0.06	0.0182	-0.059	0.1221	0.1069	0.0019	0.1997	-0.0217	0.0263	0.1842	-0.0071	0.1788	18.8967	-9.161	4.6204
4	10.611	-7.6873	1.7184	11.8643	1.386	6.7402	-0.1924	-0.4169	0.7633	0.7242	0.4652	-0.8327	0.0109	0.5577	-0.2728	0.2768	-0.0909	-0.0285	0.1957	-0.0208	0.1882	20.0929	-4.5939	14.965
5	0.0202	0.5819	0.3228	4.6307	-1.1624	3.5001	0.0012	0.0257	0.0248	0.0728	0.0255	0.2017	-0.0918	-0.0366	-0.0267	0.1726	-0.0008	0.0166	0.2071	-0.0249	0.2255	14.0661	-0.5807	3.4532
6	4.1633	-1.4969	3.4132	8.7668	4.6343	9.0727	0.0047	0.2966	0.1521	0.7023	0.066	0.061	0.0673	-0.3196	-0.0708	0.284	0.0018	0.0468	0.2535	0.0266	0.1293	10.292	-12.6972	14.6789
7	1.6806	-0.4416	0.9306	13.1266	-2.1878	0.6883	0.2217	0.0099	0.0687	-0.3397	-0.0089	0.6159	0.1429	0.0232	-0.2128	0.2408	-0.0077	0.0525	0.1647	-0.0127	0.3075	7.1727	-9.9825	7.1188
8	3.4053	-1.353	-0.4578	2.105	2.2245	4.0548	-0.0095	-0.0223	0.1795	0.0997	0.1218	-0.0129	-0.2584	-0.1259	-0.1122	0.2476	0.0481	0.027	0.1298	0.0062	0.2412	11.5879	16.9223	9.7222
9	4.3137	5.6523	1.1056	9.7807	2.8104	-4.2703	-0.5724	0.6517	0.2855	0.1245	0.4504	0.6072	0.3164	-0.004	0.122	0.4211	0.0213	0.0781	0.364	0.0659	0.2183	5.204	11.7304	12.9697
10	1.9404	-0.5337	-2.7601	1.29	0.2686	9.1371	0.1831	-0.0166	0.1008	0.0736	0.0394	0.1496	-0.2492	0.0228	-0.2225	0.1817	0.0018	-0.0139	0.1883	-0.0103	0.2206	16.0006	11.374	5.9267
11	4.0972	-4.6602	-1.0387	5.8401	3.5093	6.0729	-0.279	-0.2354	0.182	0.1099	0.426	-0.4531	-0.084	0.6267	-0.1469	0.3227	0.0208	0.0613	0.2329	0.0082	0.2461	16.9125	16.0916	22.5002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	47 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	56 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	73 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	82 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	94 - 108
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	109 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	117 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	135 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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