PDB-3lur: Crystal structure of Putative bacterial transcription regulation ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lur

タイトル

Crystal structure of Putative bacterial transcription regulation protein (NP_372959.1) from Staphylococcus aureus MU50 at 1.81 A resolution

要素

Putative bacterial transcription regulation protein

キーワード

Transcription activator / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Bacterial transcription activator / effector binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Integron-associated effector binding protein / Integron-associated effector binding protein / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative bacterial transcription regulation protein (NP_372959.1) from Staphylococcus aureus MU50 at 1.81 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lur.cif.gz	117.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lur.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lur_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lur_full_validation.pdf.gz	477 KB	表示
XML形式データ	3lur_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	3lur_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6r1g-1 5cms-5 4jca-d 5y9v-1 5yxh-1 5y9v-2 5ghn-2 2c8s-d 5cms-18 5ghj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 399559

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative bacterial transcription regulation protein

B: Putative bacterial transcription regulation protein

C: Putative bacterial transcription regulation protein

ヘテロ分子

55 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative bacterial transcription regulation protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative bacterial transcription regulation protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Putative bacterial transcription regulation protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.179, 62.482, 105.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	ILE	ILE	A	A	4 - 16	5 - 17
2	1	GLN	GLN	ILE	ILE	B	B	4 - 16	5 - 17
3	1	GLN	GLN	ILE	ILE	C	C	4 - 16	5 - 17
1	2	ASN	ASN	PRO	PRO	A	A	51 - 63	52 - 64
2	2	ASN	ASN	PRO	PRO	B	B	51 - 63	52 - 64
3	2	ASN	ASN	PRO	PRO	C	C	51 - 63	52 - 64
1	3	MSE	MSE	GLY	GLY	A	A	72 - 77	73 - 78
2	3	MSE	MSE	GLY	GLY	B	B	72 - 77	73 - 78
3	3	MSE	MSE	GLY	GLY	C	C	72 - 77	73 - 78
1	4	ASP	ASP	GLU	GLU	A	A	87 - 100	88 - 101
2	4	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	87 - 100	88 - 101
3	4	ASP	ASP	GLU	GLU	C	C	87 - 100	88 - 101
1	5	ALA	ALA	GLN	GLN	A	A	131 - 138	132 - 139
2	5	ALA	ALA	GLN	GLN	B	B	131 - 138	132 - 139
3	5	ALA	ALA	GLN	GLN	C	C	131 - 138	132 - 139
1	6	ILE	ILE	LYS	LYS	A	A	148 - 156	149 - 157
2	6	ILE	ILE	LYS	LYS	B	B	148 - 156	149 - 157
3	6	ILE	ILE	LYS	LYS	C	C	148 - 156	149 - 157

#1: タンパク質	Putative bacterial transcription regulation protein 分子量: 18015.416 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV2435 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q99RJ7, UniProt: A0A0H3K0Y5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2000M NH4F, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 6.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97932,0.97949

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97932	1
3	0.97949	1

反射

解像度: 1.81→29.192 Å / Num. obs: 39778 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 18.432 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.13

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.81-1.87	0.421	1.9	9175	6412	1	87.3
1.87-1.95	0.305	2.5	11324	7930	1	94
1.95-2.04	0.221	3.6	10990	7638	1	94.8
2.04-2.15	0.165	4.6	11339	7827	1	96
2.15-2.28	0.125	5.8	10652	7291	1	96.5
2.28-2.46	0.106	6.8	11542	7837	1	96.7
2.46-2.7	0.081	8.7	10875	7337	1	96.6
2.7-3.09	0.051	12.4	11404	7687	1	96
3.09-3.89	0.03	19.7	11076	7454	1	94.2
3.89-29.192	0.023	25	11201	7438	1	93.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.81→29.192 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU B: 6.474 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.135
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	2007	5 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.178	39762	98.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.12 Å² / B_iso mean: 15.582 Å² / B_iso min: 4.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	0 Å²	0.69 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→29.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3668	0	64	322	4054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.957	5509
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.759	3	6693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.32	5	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.865	26.263	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.938	15	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.348	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.574	1.5	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.149	1.5	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.05	2	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.7	3	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.816	4.5	1501

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 711 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	1.11	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.78	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.95	2

LS精密化シェル

解像度: 1.813→1.86 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	130	-
R_work	0.229	2731	-
all	-	2861	-
obs	-	-	98.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5465	-0.2281	0.5603	0.947	-0.2661	1.5734	-0.0242	-0.203	0.0135	0.0894	0.022	0.0305	-0.02	-0.0174	0.0022	0.0323	0.0013	0.0107	0.0183	-0.0048	0.0433	22.487	21.533	6.119
2	1.6725	-0.0983	-0.22	0.7409	-0.2907	0.9942	0.0184	0.0704	-0.0109	0.0292	-0.033	-0.0518	-0.0593	0.0625	0.0147	0.034	-0.0042	-0.0058	0.0443	-0.0067	0.0477	27.484	26.139	39.867
3	1.0838	-0.0314	0.0239	1.5917	-0.3212	3.068	-0.0285	0.0338	0.1079	-0.1246	-0.0675	-0.0274	0.0048	0.1025	0.096	0.049	-0.0017	0.0108	0.0561	0.0108	0.0913	17.532	54.761	32.071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 157

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関連情報:EMDBヘッダ

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