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万見
- PDB-3lum: Structure of ulilysin mutant M290L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lum
タイトルStructure of ulilysin mutant M290L
要素Ulilysin
キーワードHYDROLASE / metallopeptidase / metal ion binding / calcium ion binding / Calcium / Disulfide bond / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Zinc / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / Pregnancy-associated plasma protein-A / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / VALINE / Ulilysin
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tallant, C. / Garcia-Castellanos, R. / Baumann, U. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: On the relevance of the Met-turn methionine in metzincins.
著者: Tallant, C. / Garcia-Castellanos, R. / Baumann, U. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2010年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ulilysin
B: Ulilysin
C: Ulilysin
D: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,76536
ポリマ－116,0644
非ポリマー2,70132
水25,8341434
1
A: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5868
ポリマ－29,0161
非ポリマー5707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6789
ポリマ－29,0161
非ポリマー6628
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,91411
ポリマ－29,0161
非ポリマー89810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5868
ポリマ－29,0161
非ポリマー5707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Ulilysin
C: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,50119
ポリマ－58,0322
非ポリマー1,46817
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20890 Å2
手法PISA
6
B: Ulilysin
ヘテロ分子

B: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,35718
ポリマ－58,0322
非ポリマー1,32416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area2400 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
7
D: Ulilysin
ヘテロ分子

D: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,17216
ポリマ－58,0322
非ポリマー1,14014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area2370 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.310, 174.110, 124.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1401-

CA

21D-1401-

CA

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ulilysin


分子量: 29016.096 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 61-322 / 変異: M290L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
遺伝子: MA_3214 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star
参照: UniProt: Q8TL28, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

-
非ポリマー , 6種, 1466分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#6: 化合物
ChemComp-VAL / VALINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.7 Å / Num. obs: 115779 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 115779

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CKI

2cki


解像度: 1.7→46.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.553 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19487 441 0.4 %RANDOM
Rwork0.16277 ---
obs0.16289 115338 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8160 0 145 1434 9739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.93711611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.451048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8425.094424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.009151298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6611540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6951.55264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27528552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18433251
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.544.53051
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 25 -
Rwork0.199 8312 -
obs--98.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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