PDB-3lub: Crystal structure of Putative creatinine amidohydrolase (YP_21151...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lub

タイトル

Crystal structure of Putative creatinine amidohydrolase (YP_211512.1) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.11 A resolution

要素

Putative creatinine amidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Putative creatinine amidohydrolase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative creatinine amidohydrolase (YP_211512.1) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.11 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lub.cif.gz	637.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lub.ent.gz	530.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lub_validation.pdf.gz	492.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lub_full_validation.pdf.gz	499.4 KB	表示
XML形式データ	3lub_validation.xml.gz	125.3 KB	表示
CIF形式データ	3lub_validation.cif.gz	178.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mju-1 1q3k-d 3a6f-d 5llu-1 3a6l-d 1v7z-d 5nxr-d 3a6d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 398858

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative creatinine amidohydrolase

B: Putative creatinine amidohydrolase

C: Putative creatinine amidohydrolase

D: Putative creatinine amidohydrolase

E: Putative creatinine amidohydrolase

F: Putative creatinine amidohydrolase

G: Putative creatinine amidohydrolase

H: Putative creatinine amidohydrolase

I: Putative creatinine amidohydrolase

J: Putative creatinine amidohydrolase

K: Putative creatinine amidohydrolase

L: Putative creatinine amidohydrolase

ヘテロ分子

346 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative creatinine amidohydrolase

B: Putative creatinine amidohydrolase

C: Putative creatinine amidohydrolase

D: Putative creatinine amidohydrolase

E: Putative creatinine amidohydrolase

F: Putative creatinine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Putative creatinine amidohydrolase

H: Putative creatinine amidohydrolase

I: Putative creatinine amidohydrolase

J: Putative creatinine amidohydrolase

K: Putative creatinine amidohydrolase

L: Putative creatinine amidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.906, 156.790, 170.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	1 - 253
2	1	1	2	B	1 - 253
3	1	1	2	C	1 - 253
4	1	1	2	D	1 - 253
5	1	1	2	E	1 - 253
6	1	1	2	F	1 - 253
7	1	1	2	G	1 - 253
8	1	1	2	H	1 - 253
9	1	1	2	I	1 - 253
10	1	1	2	J	1 - 253
11	1	1	2	K	1 - 253
12	1	1	2	L	1 - 253

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Putative creatinine amidohydrolase 分子量: 28538.447 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 株: ATCC 25285 / NCTC 9343 / 遺伝子: BF1877 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LE76

-
非ポリマー , 5種, 2282分子

#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.2000M CaAcetate, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 7.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97911

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→43.033 Å / Num. obs: 167009 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.198 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.25

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.11-2.19	0.597	2.1	66321	17620	99.9
2.19-2.27	0.491	2.6	57277	15211	99.9
2.27-2.38	0.4	3.2	66723	17682	99.9
2.38-2.5	0.324	3.8	60374	15935	99.9
2.5-2.66	0.255	4.8	64875	17112	99.9
2.66-2.86	0.194	6.3	61517	16213	99.9
2.86-3.15	0.133	8.8	64080	16877	99.9
3.15-3.6	0.081	13.2	62682	16533	99.7
3.6-4.53	0.056	18.1	63478	16763	99.6
4.53-43.033	0.059	19.4	63570	17041	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.11→43.033 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.695 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.169
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	8604	5.2 %	THIN SHELLS
R_work	0.151	-	-	-
obs	0.153	166973	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.31 Å² / B_iso mean: 25.45 Å² / B_iso min: 7.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.72 Å²	0 Å²	0.31 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→43.033 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23844	0	93	2223	26160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	24540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	16448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.959	33372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3	40308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.912	5	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.198	24.562	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.078	15	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.312	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	3623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	27463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4762
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	4827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	16880
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	11500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	11768
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.1	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.202	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.631	3	16045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.23	3	6118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.242	5	24564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.25	8	10145
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.691	11	8782

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1442	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.15
2	B	1442	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.15
3	C	1442	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.15
4	D	1442	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.15
5	E	1442	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.15
6	F	1442	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.15
7	G	1442	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.15
8	H	1442	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.15
9	I	1442	TIGHT POSITIONAL	0.1	0.15
10	J	1442	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.15
11	K	1442	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.15
12	L	1442	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.15
1	A	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.6
2	B	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.6
3	C	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.6
4	D	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.6
5	E	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.6
6	F	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.6
7	G	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.6
8	H	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.6
9	I	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.6
10	J	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.6
11	K	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.6
12	L	1695	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.6
1	A	1442	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
2	B	1442	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
3	C	1442	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
4	D	1442	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
5	E	1442	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
6	F	1442	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
7	G	1442	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
8	H	1442	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
9	I	1442	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
10	J	1442	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
11	K	1442	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
12	L	1442	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
1	A	1695	MEDIUM THERMAL	1.05	2
2	B	1695	MEDIUM THERMAL	1.05	2
3	C	1695	MEDIUM THERMAL	1.06	2
4	D	1695	MEDIUM THERMAL	1.14	2
5	E	1695	MEDIUM THERMAL	1.07	2
6	F	1695	MEDIUM THERMAL	0.99	2
7	G	1695	MEDIUM THERMAL	1.06	2
8	H	1695	MEDIUM THERMAL	1.09	2
9	I	1695	MEDIUM THERMAL	1.03	2
10	J	1695	MEDIUM THERMAL	0.96	2
11	K	1695	MEDIUM THERMAL	1.13	2
12	L	1695	MEDIUM THERMAL	1.08	2

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.208	12400	-
obs	-	-	99.91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

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非ポリマー , 5種, 2282分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)