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- PDB-3ltm: Structure of a new family of artificial alpha helicoidal repeat p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ltm
タイトルStructure of a new family of artificial alpha helicoidal repeat proteins (alpha-Rep) based on thermostable HEAT-like repeats
要素Alpha-Rep4
キーワードPROTEIN BINDING / Protein engineering / HEAT-like repeat
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Urvoas, A. / Guellouz, A. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H. / Desmadril, M. / Minard, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Design, production and molecular structure of a new family of artificial alpha-helicoidal repeat proteins ( alpha Rep) based on thermostable HEAT-like repeats
著者: Urvoas, A. / Guellouz, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Graille, M. / Durand, D. / Desravines, D.C. / van Tilbeurgh, H. / Desmadril, M. / Minard, P.
履歴
登録2010年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-Rep4
B: Alpha-Rep4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7766
ポリマ－46,8072
非ポリマー9694
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.440, 52.450, 83.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-Rep4


分子量: 23403.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18.5% PEG 1000, 6.5% glycerol, 100 mM tricine pH8, 230 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91971, 0.9795, 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.919711
20.97951
30.931
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 20242 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.446 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→19.802 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / FOM work R set: 0.807 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 1033 5.11 %random
Rwork0.174 ---
all0.1779 ---
obs0.1779 20213 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.149 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 151.78 Å2 / Biso mean: 33.584 Å2 / Biso min: 5.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.375 Å2-0 Å24.068 Å2
2---6.283 Å2-0 Å2
3---5.908 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2833 0 63 331 3227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.053975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1881130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.26320.3111610.21322708X-RAY DIFFRACTION100
2.2632-2.40480.33721440.20632713X-RAY DIFFRACTION100
2.4048-2.59010.29911400.20792723X-RAY DIFFRACTION100
2.5901-2.850.30571540.19172726X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.26090.27731340.17632754X-RAY DIFFRACTION100
3.2609-4.10230.19431550.12832740X-RAY DIFFRACTION100
4.1023-19.80280.17421450.14572816X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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