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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lst | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CalO1, Methyltransferase in Calicheamicin Biosynthesis, SAH bound form | ||||||
要素 | CalO1 Methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Calicheamicin / Methyltransferase / CalO1 / enediyne / SAH / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Micromonospora echinospora (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, A. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Structural characterization of CalO1: a putative orsellinic acid methyltransferase in the calicheamicin-biosynthetic pathway. 著者: Chang, A. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lst.cif.gz | 271 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lst.ent.gz | 228.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lst.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lst_validation.pdf.gz | 943.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lst_full_validation.pdf.gz | 948.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lst_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lst_validation.cif.gz | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lst | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological unit is a dimer. There are half of 2 biological units in the asymmetric unit. The dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x, -y,-z and -x, y,-z+1/2 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37936.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: calO1 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q8KNE5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein Solution 20mg/ml CalO1 protein, 20mM Tris pH 8, mixed in a 1:1 ratio with the well solution 20% MEPEG 5K, 0.2M Glycine, 0.1M BTP pH 7.0. Cryoprotected with 20% ethylene glycol, 20% ...詳細: Protein Solution 20mg/ml CalO1 protein, 20mM Tris pH 8, mixed in a 1:1 ratio with the well solution 20% MEPEG 5K, 0.2M Glycine, 0.1M BTP pH 7.0. Cryoprotected with 20% ethylene glycol, 20% MEPEG 5K, 0.2M Glycine, 0.1M BTP pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9794, 0.9641 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月6日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromater プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 12.3 % / Av σ(I) over netI: 22.53 / 数: 344828 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.39 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 28057 / % possible obs: 97.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 28057 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Num. unique all: 1182 / Χ2: 1.051 / % possible all: 83.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.4 Å / D res low: 48.17 Å / FOM acentric: 0.462 / FOM centric: 0.305 / Reflection acentric: 25104 / Reflection centric: 2856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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