PDB-3lso: Crystal structure of Putative membrane anchored protein from Cory...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lso

タイトル

Crystal structure of Putative membrane anchored protein from Corynebacterium diphtheriae

要素

(Putative membrane anchored protein) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / MCSG / Corynebacterium diphtheriae / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Chang, C. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Putative membrane anchored protein from Corynebacterium diphtheriae
著者: Chang, C. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lso.cif.gz	179.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lso.ent.gz	139.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lso_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lso_full_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示
XML形式データ	3lso_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	3lso_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ec1-d 1ue6-d 5led-d 5lee-d 3a1y-d 2nud-d 5e7g-d 2atw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90761.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative membrane anchored protein

B: Putative membrane anchored protein

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative membrane anchored protein

登録者が定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative membrane anchored protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.205, 95.517, 160.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative membrane anchored protein 分子量: 52287.340 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 23-509 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 遺伝子: DIP2116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q6NEZ3
#2: タンパク質	Putative membrane anchored protein 分子量: 52287.340 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 23-509 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 遺伝子: DIP2116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q6NEZ3
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M citrate-phosphate pH 4.2, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97901 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 30162 / Num. obs: 30141 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 68 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1485 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 30.749 / SU ML: 0.28 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.122 / ESU R Free: 0.339
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25107	1521	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21459	-	-	-
all	0.2165	30054	-	-
obs	0.2165	30054	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.517 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6594	0	1	62	6657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	6726
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	1.975	9175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.326	5	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.863	26.169	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.361	15	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.667	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.528	1.5	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.002	2	7206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.441	3	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.544	4.5	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.747→2.818 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	113	-
R_work	0.311	2051	-
obs	-	2164	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6287	-0.3602	-2.6742	1.3514	-1.3021	14.1933	0.1399	-0.3761	0.1994	-0.2262	-0.0593	-0.0068	-0.9416	0.3162	-0.0806	0.2762	-0.058	-0.0258	0.2663	-0.0165	0.3042	20.6844	15.3187	44.9748
2	3.7314	0.2642	3.6787	2.5066	-0.2988	7.8116	0.2289	0.2737	-0.3556	-0.0047	-0.0049	-0.0019	0.5844	0.041	-0.224	0.1501	0.0279	0.0075	0.043	-0.0333	0.1907	10.5155	1.5915	91.1955
3	2.2755	-1.1284	-0.2996	7.807	2.8976	5.6881	-0.2204	-0.1307	-0.2277	1.2708	0.3877	-0.3853	0.3858	0.4426	-0.1673	0.2967	0.0813	-0.1535	0.0932	-0.0154	0.1742	25.4202	20.5626	120.569
4	6.9812	1.8892	4.0531	-0.1809	0.4406	1.6928	0.1122	2.0242	-1.6623	-0.1198	0.941	-0.9758	0.0154	1.661	-1.0532	0.5259	0.3153	-0.0731	1.1852	-0.8013	0.9273	23.8378	-2.4896	91.9214
5	1.895	-0.0834	-0.8754	2.4557	-2.0222	11.8904	0.1202	-0.0999	0.3281	0.316	0.0835	0.1515	-0.6305	-0.6215	-0.2037	0.359	-0.1472	0.0303	0.1336	-0.0124	0.1227	49.8406	13.5064	-1.3479
6	4.8496	0.2084	0.8579	6.6241	2.3455	11.203	-0.221	0.0087	-0.1786	-0.8063	0.1831	0.3693	0.8161	-0.6955	0.0378	0.401	-0.0994	-0.0414	0.0601	0.0036	0.0793	49.282	-1.7052	45.3123
7	3.7741	-1.5887	-0.7064	2.2399	0.8053	2.7182	0.0604	0.1828	-0.0632	-0.0869	-0.0688	-0.0254	0.0942	-0.0504	0.0084	0.0252	-0.0354	-0.0315	0.1528	0.0027	0.1835	44.0751	21.8007	74.0978
8	0.9019	-3.1946	-4.9398	9.5059	14.5327	20.8544	0.6004	0.2964	0.2924	-0.6096	0.035	-0.8813	-0.6578	-0.431	-0.6354	1.0035	0.1142	0.3151	0.8475	-0.2576	0.6885	61.981	3.6111	49.2437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	212 - 306
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	307 - 470
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	471 - 487
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	44 - 211
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	212 - 306
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	307 - 470
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	471 - 487

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関連情報:EMDBヘッダ

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