PDB-3ls9: Crystal structure of atrazine chlorohydrolase TrzN from Arthrobac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ls9

タイトル

Crystal structure of atrazine chlorohydrolase TrzN from Arthrobacter aurescens TC1 complexed with zinc

要素

Triazine hydrolase

キーワード

HYDROLASE / atrazine chlorohydrolase TrzN

機能・相同性

機能・相同性情報

amidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter aurescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Seffernick, J. / Wackett, L.P. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of atrazine chlorohydrolase TrzN from Arthrobacter aurescens TC1 complexed with zinc
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Seffernick, J. / Wackett, L.P. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ls9.cif.gz	198.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ls9.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ls9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ls9_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ls9_full_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示
XML形式データ	3ls9_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	3ls9_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3ls9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3ls9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pajS 3lsb 3lsc S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hmf-d 1v7v-d 5yg0-1 3lsc-d 6ust-2 5yg1-2 5yfy-2 6ust-1 5yfz-2 5yg0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Triazine hydrolase

B: Triazine hydrolase

ヘテロ分子

99.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.552, 102.616, 80.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Triazine hydrolase 分子量: 49839.652 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 14-469 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter aurescens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SJY7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月6日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→35 Å / Num. obs: 176330 / % possible obs: 99.62 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.083

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2PAJ

2paj

解像度: 1.4→31.863 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1894	8820	5 %	RANDOM
R_work	0.1687	-	-	-
obs	0.1697	176330	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.8 Å² / k_sol: 0.417 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→31.863 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6956	0	2	765	7723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	9680
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.639	2574
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4169	0.2096	297	0.1997	5518	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4169-1.4336	0.2263	298	0.1887	5590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4336-1.451	0.217	318	0.184	5478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.451-1.4694	0.2109	294	0.1851	5587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4694-1.4887	0.2284	298	0.1747	5600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4887-1.5091	0.2006	297	0.168	5602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5091-1.5307	0.1919	263	0.1672	5521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5307-1.5535	0.1906	275	0.1609	5649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5535-1.5778	0.1854	286	0.1579	5556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5778-1.6037	0.1966	309	0.1625	5562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6037-1.6313	0.1886	327	0.1599	5565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6313-1.661	0.1897	300	0.1586	5572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.661-1.6929	0.1871	286	0.1544	5615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6929-1.7275	0.1848	300	0.1564	5546	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7275-1.7651	0.1873	308	0.1603	5577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7651-1.8061	0.1982	283	0.1575	5608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8061-1.8513	0.1683	285	0.1579	5582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8513-1.9013	0.1872	281	0.1648	5628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9013-1.9573	0.192	305	0.1611	5579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9573-2.0204	0.1869	292	0.1577	5570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0204-2.0926	0.1617	317	0.1563	5580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0926-2.1764	0.1667	284	0.156	5627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1764-2.2754	0.1926	266	0.1645	5604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2754-2.3953	0.191	302	0.1673	5645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3953-2.5454	0.1888	301	0.1683	5566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5454-2.7418	0.1891	276	0.1697	5652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7418-3.0175	0.1981	272	0.1742	5659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0175-3.4537	0.1997	280	0.1789	5623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4537-4.3496	0.1707	344	0.1551	5536	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3496-31.8717	0.178	276	0.1729	5513	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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