PDB-3lru: hPRP8 Non-Native Subdomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lru

タイトル

hPRP8 Non-Native Subdomain

要素

Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / alternate folding of protein / Disease mutation / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / Retinitis pigmentosa / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Sensory transduction / Spliceosome / Vision

機能・相同性

機能・相同性情報

U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schellenberg, M.J. / Ritchie, D.B. / MacMillan, A.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Context-dependent remodeling of structure in two large protein fragments.
著者: Schellenberg, M.J. / Ritchie, D.B. / Wu, T. / Markin, C.J. / Spyracopoulos, L. / MacMillan, A.M.

履歴

登録	2010年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lru.cif.gz	79 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lru.ent.gz	58.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bec-d 3beb-d 5m1k-d 3w34-d 1nzu-d 2wwf-2 4w9j-4 4e86-d 2wwh-1 4bu6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (24) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (5) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

B: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

36.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.732, 42.176, 98.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Splicing factor Prp8 / PRP8 homolog / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / p220 分子量: 18440.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1831-1990 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRP8, PRPC8, PRPF8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Splicing factor Prp8 / PRP8 homolog / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / p220

分子量: 18440.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1831-1990 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRP8, PRPC8, PRPF8 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6P2Q9

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 12% PEG4000, Tris Ph8, 1,3 diamino-propane, pH 6, vapour diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11586 Å

検出器

検出器: CCD / 日付: 2006年6月27日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11586 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 27.81 / 数: 167934 / R_merge(I) obs: 0.045 / Χ²: 0.94 / D res high: 2 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 45774 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	100	98.9	1	0.022	1.327	3.8
3.42	4.31	100	1	0.026	0.694	3.9
2.99	3.42	100	1	0.033	0.777	3.9
2.71	2.99	100	1	0.05	0.835	3.9
2.52	2.71	100	1	0.077	0.955	3.8
2.37	2.52	99.8	1	0.094	0.926	3.6
2.25	2.37	99	1	0.114	0.941	3.5
2.15	2.25	98.8	1	0.152	1.03	3.4
2.07	2.15	98.4	1	0.191	0.946	3.4
2	2.07	97.7	1	0.275	1.031	3.4

反射

解像度: 1.85→100 Å / Num. obs: 30833 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.92	7	0.529	3060	0.98	1	99.8
1.92-1.99	7.1	0.374	3046	1.002	1	99.9
1.99-2.08	7.2	0.257	3045	1.008	1	99.8
2.08-2.19	7.4	0.176	3106	1.002	1	100
2.19-2.33	7.4	0.134	3041	1.025	1	100
2.33-2.51	7.5	0.101	3061	1.002	1	100
2.51-2.76	7.5	0.08	3088	1.025	1	100
2.76-3.16	7.5	0.05	3099	1.018	1	100
3.16-3.99	7.4	0.037	3101	1.001	1	100
3.99-100	6.8	0.034	3186	1.002	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.6 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.64 / 反射: 23202 / Reflection acentric: 21705 / Reflection centric: 1497

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-29.146	0.91	0.92	0.87	1087	896	191
3.6-5.7	0.91	0.92	0.81	3247	2928	319
2.9-3.6	0.83	0.83	0.78	4040	3757	283
2.5-2.9	0.64	0.64	0.56	4020	3794	226
2.1-2.5	0.45	0.45	0.42	6939	6616	323
2-2.1	0.27	0.26	0.28	3869	3714	155

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.252 / WR_factor R_work: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.817 / SU B: 3.363 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / SU R_free: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	1551	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.212	30823	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.66 Å² / B_iso mean: 29.79 Å² / B_iso min: 10.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.28 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2441	0	0	267	2708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.98	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.668	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.4	25	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.683	15	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.991	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.061	1.5	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.828	2	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.398	3	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.73	4.5	917

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.899 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	110	-
R_work	0.262	2049	-
all	-	2159	-
obs	-	-	95.4 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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