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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lrp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Plasmodium falciparum ADP-Ribosylation Factor 1 | ||||||
![]() | ADP-ribosylation factor 1 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / ADP-ribosylation factor / Protein trafficking / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / GTP-binding / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Transport / SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Synthesis of PIPs at the plasma membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / : / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / protein transport / GTP binding / Golgi apparatus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cook, W.J. / Chattopadhyay, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Plasmodium falciparum ADP-ribosylation factor 1. 著者: Cook, W.J. / Smith, C.D. / Senkovich, O. / Holder, A.A. / Chattopadhyay, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 774.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 777.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20938.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ARF1, ARF, PLARF / プラスミド: PGEX-3X / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride, Tris-HCl buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.986 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→32.12 Å / Num. all: 7290 / Num. obs: 7290 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.017 / % possible all: 84.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 1HUR 解像度: 2.5→32.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1289484.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.0802 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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