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- PDB-3lr5: Periplasmic domain of the risS sensor protein from Burkholderia p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lr5
タイトルPeriplasmic domain of the risS sensor protein from Burkholderia pseudomallei, iodide phased at neutral pH
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Burkholderia / melioidosis / pH / sensor protein / histidine kinase / iodide phased / ATP-binding / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain superfamily / Periplasmic domain of Sensor histidine kinase RisS / : / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain / Sensor histidine kinase RisS, periplasmic domain superfamily / Periplasmic domain of Sensor histidine kinase RisS / : / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for pH sensing by the periplsamic domain of the risS histidine kinase from Burkholderia pseudomallei
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Staker, B.L. / Phan, I. / Myler, P. / Stacy, R. / Stewart, L. / Miller, S.I. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2010年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7007
ポリマ－33,0652
非ポリマー6355
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.040, 76.010, 88.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細dimeric

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 16532.572 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37 to 158 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BPSL2095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63T74, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BisTris Propane pH 6.5, 0.2 M NaI, 25% PEG 3350, crystal tracking ID 203088f3, affinity tag not removed prior to crystallization, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 90482 / Rmerge(I) obs: 0.084 / D res high: 2.25 Å / Num. obs: 25375 / % possible obs: 97.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
10.0619.7525787.110.029
7.1210.0652899.410.036
5.817.1268099.710.048
5.035.8182810010.045
4.55.0392199.910.039
4.114.5101999.910.04
3.84.11107397.410.05
3.563.8109990.410.07
3.353.56124999.110.067
3.183.35135810010.075
3.033.18140810010.092
2.93.03149510010.106
2.792.9153510010.136
2.692.79162210010.155
2.62.69164610010.181
2.522.6173010010.207
2.442.52175210010.236
2.372.44185899.910.277
2.312.37187699.810.344
2.252.31144174.410.433
反射解像度: 2.3→19.61 Å / Num. obs: 13048 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.69 % / Biso Wilson estimate: 30.555 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.79
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 6.25 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured obs: 5916 / Num. unique all: 949 / Num. unique obs: 947 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 19.75 Å / FOM : 0.386 / FOM acentric: 0.429 / FOM centric: 0.164 / 反射: 10217 / Reflection acentric: 8564 / Reflection centric: 1626
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.79-19.750.3860.5920.1261789977
7.39-9.790.4120.5390.14925116781
6.18-7.390.4820.5860.20930021683
5.42-6.180.490.5740.22734426083
4.88-5.420.4330.5040.17738630383
4.48-4.880.460.5370.14641933781
4.16-4.480.4040.4710.12244435885
3.91-4.160.4180.4750.14246238474
3.69-3.910.3930.4420.15947239472
3.51-3.690.3620.4070.14248040271
3.35-3.510.390.4380.13956047089
3.21-3.350.4180.4590.16558149982
3.09-3.210.40.4370.16760051783
2.98-3.090.390.4270.14961453183
2.88-2.980.3650.3940.17764755889
2.79-2.880.3560.3810.17565357479
2.71-2.790.3590.390.14568159586
2.63-2.710.3530.3740.1868961574
2.56-2.630.3220.3370.21673464193
2.5-2.560.3240.3440.15372264478

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / WRfactor Rfree: 0.226 / WRfactor Rwork: 0.184 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.83 / SU B: 12.228 / SU ML: 0.156 / SU R Cruickshank DPI: 0.352 / SU Rfree: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 640 4.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 13048 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.31 Å2 / Biso mean: 22.722 Å2 / Biso min: 6.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2---1.64 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 5 163 2096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9562727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7195249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.13623.551107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19715331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8391523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7751.51226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45221988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1563770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5784.5734
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 47 -
Rwork0.198 898 -
all-945 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27850.3233-0.11460.9078-0.2433-0.0989-0.00830.0807-0.11690.03120.0248-0.017-0.0277-0.0188-0.01650.02-0.00970.00030.0627-0.00610.02730.364840.184517.5849
20.18170.1253-0.11720.4925-0.75411.32570.0737-0.02160.04270.0225-0.00730.0813-0.0395-0.0023-0.06640.0330.00540.00970.0323-0.00650.05215.770446.237834.5005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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