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- PDB-3lq9: Crystal structure of human REDD1, a hypoxia-induced regulator of mTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lq9
タイトルCrystal structure of human REDD1, a hypoxia-induced regulator of mTOR
要素DNA-damage-inducible transcript 4 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / REDD1 DDIT4 mTOR / hypoxia / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex disassembly / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of TOR signaling / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / 14-3-3 protein binding / reactive oxygen species metabolic process / cellular response to dexamethasone stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / neuron migration ...protein-containing complex disassembly / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of TOR signaling / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / 14-3-3 protein binding / reactive oxygen species metabolic process / cellular response to dexamethasone stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / neuron migration / neuron differentiation / brain development / defense response to virus / response to hypoxia / intracellular signal transduction / apoptotic process / mitochondrion / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RTP801-like / RTP801-like / RTP801-like, C-terminal domain superfamily / RTP801 C-terminal region / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage-inducible transcript 4 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vega-Rubin-de-Celis, S. / Abdallah, Z. / Brugarolas, J. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural analysis and functional implications of the negative mTORC1 regulator REDD1.
著者: Vega-Rubin-de-Celis, S. / Abdallah, Z. / Kinch, L. / Grishin, N.V. / Brugarolas, J. / Zhang, X.
履歴
登録2010年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-damage-inducible transcript 4 protein
B: DNA-damage-inducible transcript 4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6622
ポリマ－29,6622
非ポリマー00
水3,657203
1
A: DNA-damage-inducible transcript 4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8311
ポリマ－14,8311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA-damage-inducible transcript 4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8311
ポリマ－14,8311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.331, 36.586, 47.970
Angle α, β, γ (deg.)77.56, 89.08, 86.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 DNA-damage-inducible transcript 4 protein / Protein regulated in development and DNA damage response 1 / REDD-1 / HIF-1 responsive protein RTP801


分子量: 14830.898 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal functional domain / 変異: deletion of residues 200-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDIT4, REDD1, RTP801 / プラスミド: modified pET28 with a His6-Sumo tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NX09
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M NaF, 20-26% PEG3350, 0.05 mM C12E9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97926
シンクロトロンAPS 19-BM21.28288
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2008年1月1日
CUSTOM-MADE2CCD2008年1月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979261
21.282881
Reflection冗長度: 4.7 % / Av σ(I) over netI: 25.34 / 数: 55284 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.93 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11682 / % possible obs: 96
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.745097.110.0653.9134.9
3.764.7497.810.0552.6044.9
3.293.7698.510.0672.3075
2.993.2998.110.0861.9095
2.772.9997.810.111.5855
2.612.7797.710.1421.5175
2.482.6197.210.1561.314.8
2.372.4895.910.1721.274.6
2.282.3792.910.2051.2294.1
2.22.2887.210.2321.1153.9
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14319 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.859 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.073.40.25913922.251,292.5
2.07-2.153.80.21413781.7681,294
2.15-2.253.90.15914131.6591,294.9
2.25-2.3740.13114351.7861,295.5
2.37-2.524.10.10914381.661,296.3
2.52-2.714.10.09614451.811,296.7
2.71-2.994.20.0814652.0051,296.9
2.99-3.424.20.06414452.0911,297.8
3.42-4.314.10.0514551.7971,297.7
4.31-5040.04514531.8051,297

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→27.096 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.851 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 708 5.07 %
Rwork0.177 --
obs0.179 13975 93.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.587 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.6 Å2 / Biso mean: 30.4 Å2 / Biso min: 11.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.806 Å21.177 Å21.635 Å2
2--6.712 Å2-1.821 Å2
3----2.906 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1921 0 0 203 2124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.772618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.69733
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.1530.2611250.1982441256686
2.153-2.370.2151380.1772641277993
2.37-2.7120.2311420.182678282095
2.712-3.4160.251430.1792756289997
3.416-27.0980.1791600.1682751291197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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