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万見
- PDB-3lpc: Crystal structure of a subtilisin-like protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lpc
タイトルCrystal structure of a subtilisin-like protease
要素AprB2
キーワードHYDROLASE / protease / subtilase / virulence factor
機能・相同性Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Dichelobacter nodosus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Porter, C.J. / Wong, W. / Whisstock, J.C. / Rood, J.I. / Kennan, R.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: The Subtilisin-Like Protease AprV2 Is Required for Virulence and Uses a Novel Disulphide-Tethered Exosite to Bind Substrates
著者: Kennan, R.M. / Wong, W. / Dhungyel, O.P. / Han, X. / Wong, D. / Parker, D. / Rosado, C.J. / Law, R.H.P. / McGowan, S. / Reeve, S.B. / Levina, V. / Powers, G.A. / Pike, R.N. / Bottomley, S.P. ...著者: Kennan, R.M. / Wong, W. / Dhungyel, O.P. / Han, X. / Wong, D. / Parker, D. / Rosado, C.J. / Law, R.H.P. / McGowan, S. / Reeve, S.B. / Levina, V. / Powers, G.A. / Pike, R.N. / Bottomley, S.P. / Smith, A.I. / Marsh, I. / Whittington, R.J. / Whisstock, J.C. / Porter, C.J. / Rood, J.I.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AprB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3609
ポリマ－35,8971
非ポリマー4638
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.675, 45.821, 45.746
Angle α, β, γ (deg.)98.40, 113.98, 114.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 AprB2


分子量: 35897.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dichelobacter nodosus (バクテリア)
株: C305 / 遺伝子: aprB2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami(DE3)LysS
参照: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO EMBL WITH THE ACCESSION NUMBER FN674446.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sodium Acetate, Sodium Cacodylate, PEG 8000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月16日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.669 Å / Num. all: 26960 / Num. obs: 26960 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.794.20.2233.41591837470.22388
1.79-1.94.20.1465.21546236400.14689.5
1.9-2.034.30.1017.61467734450.10190.2
2.03-2.194.20.07110.61383132560.07191.8
2.19-2.44.30.05613.11286130220.05692.6
2.4-2.694.30.04815.61173027600.04893.8
2.69-3.14.30.03917.91036024370.03994.9
3.1-3.84.20.03121.3899821200.03196.1
3.8-5.384.20.02823696416420.02896.8
5.38-20.384.20.032137668910.0396.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å20.38 Å
Translation2.5 Å20.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.21データスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DBI

1dbi


解像度: 1.7→20.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.166 / WRfactor Rwork: 0.127 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.916 / SU B: 1.776 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.109 / SU Rfree: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 1359 5 %RANDOM
Rwork0.135 ---
obs0.137 26957 92.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.44 Å2 / Biso mean: 14.289 Å2 / Biso min: 4.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.02 Å20.01 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 26 365 2889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9313502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8765339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21224.386114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83315358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3721516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.02321689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88752681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.577881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.92210821
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 90 -
Rwork0.277 1763 -
all-1853 -
obs--87.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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