PDB-3loc: Crystal structure of putative transcriptional regulator ycdc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3loc

タイトル

Crystal structure of putative transcriptional regulator ycdc

要素

HTH-type transcriptional regulator rutR

キーワード

TRANSCRIPTION / HELIX-TURN-HELIX / PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DIMER / URACIL / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / DNA-binding / Repressor / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Patskovsky, Y.V. / Knapik, A.A. / Mennella, V. / Burley, S.K. / Minor, W. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Hypothetical Transcriptional Regulator Ycdc from Escherichia Coli
著者: Patskovsky, Y.V. / Mennella, V. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2010年6月16日	ID: 1PB6
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3loc.ent.gz	134.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3loc_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3loc_full_validation.pdf.gz	465.1 KB	表示
XML形式データ	3loc_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	3loc_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3loc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/3loc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4jyk-d 4xk4-2 1jus-1 3btl-1 1jtx-1 6qjx-1 1qvt-1 3btc-1 2d6y-d 2gby-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-T803

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator rutR

B: HTH-type transcriptional regulator rutR

C: HTH-type transcriptional regulator rutR

D: HTH-type transcriptional regulator rutR

ヘテロ分子

96.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HTH-type transcriptional regulator rutR

B: HTH-type transcriptional regulator rutR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HTH-type transcriptional regulator rutR

D: HTH-type transcriptional regulator rutR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.020, 139.610, 156.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator rutR / Rut operon repressor 分子量: 23951.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1013, JW0998, rutR, ycdC / プラスミド: T7 TOPO-CT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ACU2
#2: 化合物	ChemComp-URA / URACIL / ウラシル分子量: 112.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: SODIUM CHLORIDE, SODIUM FORMATE, GLYCEROL, PH 7, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	200	1
2	200	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-BM	1	0.96367	0.96367
シンクロトロン	NSLS	X9A	2		0.972, 0.9786, 0.9789

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
SBC-3	1	CCD	2003年3月11日	MIRRORS
MARRESEARCH	2	IMAGE PLATE	2003年3月13日	MIRRORS

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MIRRORS	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MIRRORS	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.96367	1
2	0.972	1
3	0.9786	1
4	0.9789	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 40218 / Num. obs: 40218 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.48 % / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.43 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect	Collect	データ収集
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
Coot		モデル構築
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→49.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 19.52 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22905	1931	5 %	RANDOM
R_work	0.19537	-	-	-
all	0.19704	36793	-	-
obs	0.19704	36793	96.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6235	0	32	69	6336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	6435
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.976	8735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.243	3	10601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.267	5	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.838	23.502	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.644	15	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.198	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.485	1.5	4032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.08	1.5	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.944	2	6468
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.123	3	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.132	4.5	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2471 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.73	0.5
B	medium positional	0.63	0.5
C	medium positional	0.52	0.5
D	medium positional	0.66	0.5
A	medium thermal	0.59	2
B	medium thermal	0.55	2
C	medium thermal	0.6	2
D	medium thermal	0.55	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	127	-
R_work	0.348	2379	-
obs	-	-	85.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.4581	0.7751	5.5193	2.2946	1.2107	9.3056	-0.2538	-0.8591	0.2326	-0.0632	0.034	-0.0982	-0.2647	-0.1261	0.2198	0.0218	0.0229	0.0001	0.6859	0.0468	0.0442	-5.564	37.526	-1.292
2	4.0833	0.5495	2.3527	2.227	0.3798	4.454	-0.5149	0.3728	0.408	-0.3686	0.0527	-0.1155	-0.7546	1.0111	0.4622	0.2373	-0.1861	-0.0524	0.6419	0.1705	0.1403	-11.938	40.189	-27.766
3	4.294	4.7826	-1.4612	9.0472	-3.4498	1.3008	0.6097	-0.5181	0.4939	0.6724	-0.6838	0.3366	-0.1286	0.3445	0.0741	0.4107	-0.0732	0.1177	0.431	0.0434	0.3165	-26.44	11.049	-14.075
4	3.3194	0.0714	1.8659	2.346	-0.0923	5.2952	0.0692	0.26	-0.355	-0.3361	-0.1317	-0.0688	0.3181	0.3595	0.0625	0.169	0.0035	0.0083	0.4578	0.0608	0.1278	-20.568	26.541	-33.272
5	12.3003	-6.0834	2.001	12.1669	-2.2712	1.7412	0.1917	-0.225	-1.6486	-0.0115	-0.0467	0.5274	-0.3567	0.0497	-0.145	0.1076	-0.0305	-0.0093	0.3925	0.1272	0.3523	8.12	-31.563	1.733
6	3.589	0.9014	-0.9675	3.4284	-0.9489	2.0684	0.3433	-0.2179	0.1411	0.3519	-0.2888	0.1645	-0.5595	-0.0006	-0.0545	0.2757	-0.0205	0.0388	0.2879	0.001	0.1536	4.53	-7.105	-6.253
7	4.2694	2.6434	1.9216	4.7061	2.667	3.9642	-0.0045	-0.0439	-0.1248	-0.2271	0.0941	-0.1681	0.1385	-0.2344	-0.0896	0.3148	0.0254	-0.0913	0.4354	-0.0522	0.1455	-12.243	-29.818	-28.083
8	3.3969	0.8155	-0.3584	3.0998	-0.6261	2.201	0.13	0.456	0.28	-0.38	-0.0307	0.5845	-0.3432	-0.3283	-0.0994	0.302	0.1416	-0.0568	0.4004	0.034	0.2492	-4.074	-6.867	-20.665

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	11 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	77 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	12 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	77 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	10 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	77 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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