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万見
- PDB-3loa: Crystal Structure Analysis of the RNA construct with two adjacent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3loa
タイトルCrystal Structure Analysis of the RNA construct with two adjacent ligand binding sites of helix h44 in 16S ribosomal RNA
要素
  • 5'-R(*CP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*(5BU)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*G)-3'
  • 5'-R(*GP*GP*GP*(5BU)P*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3'
キーワードRNA / A-site / Hygromycin B binding site / aminoglycoside
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Dibrov, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: A model for the study of ligand binding to the ribosomal RNA helix h44.
著者: Dibrov, S.M. / Parsons, J. / Hermann, T.
履歴
登録2010年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*(5BU)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*G)-3'
B: 5'-R(*GP*GP*GP*(5BU)P*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5347
ポリマ－14,2692
非ポリマー2655
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area7850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.455, 57.455, 58.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-27-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*(5BU)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*CP*G)-3'


分子量: 6675.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16S rRNA helix 44
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*GP*(5BU)P*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*UP*AP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3'


分子量: 7593.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16S rRNA helix 44
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 mM magnesium chloride, 1.95 M ammonium sulfate, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.919411 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月29日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919411 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.7 Å / Num. obs: 4941 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 61.5 Å2 / Net I/σ(I): 36.22
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.31 / Num. unique all: 946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.299→28.728 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2305 439 4.61 %RANDOM
Rwork0.1906 ---
obs0.1923 4921 99.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.477 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.299→28.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 935 13 29 977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4371636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.112436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2986-2.6310.31411650.28733005X-RAY DIFFRACTION98.84
2.631-3.3140.25851470.24323040X-RAY DIFFRACTION99.56
3.314-28.72970.19631270.15333034X-RAY DIFFRACTION98.78
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.4843 Å / Origin y: 13.8319 Å / Origin z: 18.7602 Å
111213212223313233
T0.3681 Å2-0.0502 Å2-0.0213 Å2-0.6772 Å20.0676 Å2--0.4733 Å2
L0.7434 °2-0.0392 °20.5575 °2--0.6248 °20.3597 °2--0.0082 °2
S-0.1369 Å °-0.0583 Å °0.1621 Å °0.1125 Å °0.1127 Å °-0.0008 Å °0.0497 Å °-0.0962 Å °0.0019 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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