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- PDB-3lo3: The crystal structure of a conserved functionally unknown protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lo3
タイトルThe crystal structure of a conserved functionally unknown protein from Colwellia psychrerythraea 34H.
要素uncharacterized conserved protein
キーワードstructure genomics / unknown function / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性Domain of unknown function DUF1330 / Domain of unknown function (DUF1330) / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF1330 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.383 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a conserved functionally unknown protein from Colwellia psychrerythraea 34H.
著者: Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32012年9月5日Group: Derived calculations

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized conserved protein
B: uncharacterized conserved protein
C: uncharacterized conserved protein
D: uncharacterized conserved protein
E: uncharacterized conserved protein
F: uncharacterized conserved protein
G: uncharacterized conserved protein
H: uncharacterized conserved protein
I: uncharacterized conserved protein
J: uncharacterized conserved protein
K: uncharacterized conserved protein
L: uncharacterized conserved protein
M: uncharacterized conserved protein
N: uncharacterized conserved protein
O: uncharacterized conserved protein
P: uncharacterized conserved protein
Q: uncharacterized conserved protein
R: uncharacterized conserved protein
S: uncharacterized conserved protein
T: uncharacterized conserved protein
U: uncharacterized conserved protein
V: uncharacterized conserved protein
W: uncharacterized conserved protein
X: uncharacterized conserved protein
Y: uncharacterized conserved protein
Z: uncharacterized conserved protein
a: uncharacterized conserved protein
b: uncharacterized conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,04732
ポリマ－296,67928
非ポリマー3684
水8,269459
1
A: uncharacterized conserved protein
B: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
2
C: uncharacterized conserved protein
D: uncharacterized conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2833
ポリマ－21,1912
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
3
E: uncharacterized conserved protein
F: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
4
G: uncharacterized conserved protein
H: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
5
I: uncharacterized conserved protein
J: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
6
K: uncharacterized conserved protein
L: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
7
M: uncharacterized conserved protein
N: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
8
Q: uncharacterized conserved protein
R: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
9
S: uncharacterized conserved protein
T: uncharacterized conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2833
ポリマ－21,1912
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9520 Å2
手法PISA
10
U: uncharacterized conserved protein
V: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
11
W: uncharacterized conserved protein
X: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
12
Y: uncharacterized conserved protein
Z: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9730 Å2
手法PISA
13
a: uncharacterized conserved protein
b: uncharacterized conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1912
ポリマ－21,1912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
14
O: uncharacterized conserved protein
P: uncharacterized conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3764
ポリマ－21,1912
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.684, 109.503, 126.509
Angle α, β, γ (deg.)66.02, 80.80, 79.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Experimentally unknown. The chains A and B, C and D, E and F, G and H, I and J, K and L, M and N, O and P, Q and R, S and T, U and V, W and X, Y and Z, a and b may form dimers, respectively.

-
要素

#1: タンパク質 ...
uncharacterized conserved protein


分子量: 10595.670 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
株: 34H / 遺伝子: CPS_1673 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q484V4
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1M CHES, 20% w/v PEG8000, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912, 0.97937
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979121
20.979371
反射解像度: 2.383→115 Å / Num. all: 103654 / Num. obs: 103654 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.39→2.44 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5155 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.383→43.034 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2766 4808 5 %randon
Rwork0.1902 ---
all0.1946 96204 --
obs0.1946 96204 90.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.972 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.383→43.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20860 0 24 459 21343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20928789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3237603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0853109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3832-2.46840.35943920.24287328X-RAY DIFFRACTION72
2.4684-2.56720.36264480.24998273X-RAY DIFFRACTION82
2.5672-2.6840.34214360.22458551X-RAY DIFFRACTION84
2.684-2.82550.32464750.21758947X-RAY DIFFRACTION88
2.8255-3.00250.34724560.22539113X-RAY DIFFRACTION90
3.0025-3.23430.29384790.20669566X-RAY DIFFRACTION94
3.2343-3.55960.2845240.18549772X-RAY DIFFRACTION97
3.5596-4.07440.25345010.16669952X-RAY DIFFRACTION98
4.0744-5.13190.21885410.14229963X-RAY DIFFRACTION98
5.1319-43.0410.22985560.15979931X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined2.00290.615-0.36120.3763-0.55561.43890.0102-0.25650.0382-0.2281-0.17350.03960.15160.1070.12770.14820.02420.00590.0689-0.0270.0999-7.759251.7266-33.7863
20.90570.3674-0.28361.4389-0.48371.3319-0.06170.02970.0775-0.35130.170.03980.197-0.0162-0.06070.17990.03060.05370.0652-0.03840.0452
31.50690.08710.10871.38320.66650.8712-0.00690.16750.01720.1434-0.10970.08530.0004-0.08320.09980.0733-0.02770.01760.091-0.01020.0738
40.93390.17-0.01670.47370.54142.0430.00370.12460.1619-0.0088-0.1062-0.07390.13370.30160.09460.0846-0.00910.07250.14510.04290.1882
51.8740.2555-0.36861.732-1.41342.52560.11380.02810.1478-0.36680.1064-0.02270.3965-0.4834-0.19570.1278-0.07960.01880.16810.03470.0392
61.0326-0.1019-0.2770.7835-0.66591.68780.1804-0.03910.168-0.08650.09050.0473-0.1724-0.2679-0.21410.16360.0390.11040.14980.03250.1307
7-0.00470.2216-0.20750.6313-0.85471.3841-0.1482-0.0054-0.1519-0.1966-0.1097-0.0790.44680.09450.22320.40070.02150.15820.03920.00660.1443
82.11080.1423-1.43611.787-0.78131.7087-0.09010.66120.0977-0.53860.31520.07830.1896-0.7169-0.20830.51270.03220.11660.28230.04350.0549
90.63720.153-0.14441.10660.28821.38180.0515-0.10710.1054-0.0133-0.242-0.10770.250.19760.14980.1738-0.01390.0750.13260.0530.1464
100.4650.51840.2491.2901-1.42041.8744-0.1206-0.0803-0.0929-0.5745-0.2666-0.27230.75190.07330.37660.47050.10060.27860.14810.03470.2305
110.71790.1835-0.77771.8137-0.59271.6179-0.00080.0751-0.0945-0.31620.0773-0.10980.0636-0.1928-0.08290.158-0.01140.04020.1273-0.00110.129
120.72630.6389-0.97490.828-0.59332.0752-0.0342-0.1186-0.1156-0.0271-0.08190.0302-0.10.3640.0410.2420.00480.14440.1060.05510.1455
131.94890.9681-1.08510.7363-0.57412.0161-0.06460.2124-0.01370.21030.0999-0.08010.3551-0.28770.00460.2328-0.0750.04420.0772-0.00740.1
142.02160.6895-1.45290.1915-0.90262.04210.39660.53920.37540.18570.03890.1582-0.3782-0.516-0.36740.17870.05750.11050.27950.12380.1861
151.0569-1.07370.80450.98230.15860.9136-0.4005-0.14760.03090.39340.1890.0422-0.3104-0.07270.18810.46490.1-0.1350.1427-0.03340.1554
160.451-0.35820.68991.4495-0.03211.5423-0.23750.11360.17870.2169-0.1352-0.1676-0.23440.23740.30350.50120.0787-0.13480.16950.02830.1687
170.67210.22010.37320.489-0.37231.6352-0.05840.0257-0.00940.26020.0822-0.1371-0.0264-0.0943-0.00550.14490.0151-0.04970.053-0.03640.1311
180.7278-0.6110.48851.4506-0.7682.6452-0.1839-0.17970.09680.27160.166-0.2779-0.9604-0.57880.07070.4060.1591-0.07070.1058-0.030.1166
190.428-0.23340.54773.154-1.1391.714-0.05560.02370.121-0.1392-0.214-0.212-0.0440.30680.23630.13430.0029-0.04230.18710.03990.1616
201.0114-0.21020.83880.8025-0.42940.9504-0.0723-0.07080.0146-0.15440.09640.14490.0305-0.1051-0.00620.18660.0442-0.12840.0855-0.03280.122
212.495-1.68081.7752.1001-2.1082.1032-0.21370.06280.14020.66620.0978-0.2187-0.3975-0.01580.18330.2641-0.0378-0.11840.12390.02010.1401
221.8756-0.84530.81681.7449-1.6191.23210.28180.49910.0905-0.0931-0.4728-0.23830.12850.40760.19780.1340.0595-0.07920.26740.05610.1521
232.103-0.11720.20830.5897-0.75411.02140.0018-0.383-0.36690.04120.0134-0.0072-0.1112-0.248-0.0290.12090.0435-0.03080.15720.03540.1338
242.0009-0.52550.12650.7666-0.19411.7758-0.1288-0.09360.0298-0.10.01520.0243-0.28370.04150.13160.11980.0076-0.06920.059-0.01680.1277
250.51430.03550.8551.91380.08251.4105-0.1490.14270.2412-0.03140.0272-0.23040.08810.14120.12980.0019-0.0096-0.04530.13210.03420.1635
260.52350.5463-0.10650.7796-0.18290.68680.00330.10590.0014-0.01190.03150.1002-0.1388-0.165-0.05340.08940.0564-0.10440.19830.00290.1921
272.0573-0.38080.65160.8684-1.1242.69360.02250.27850.03940.2164-0.5555-0.2972-0.6410.67850.49440.2855-0.1187-0.19190.32270.18810.274
282.4371-0.4441-0.05122.5101-0.80141.75750.15020.0058-0.1501-0.4345-0.4962-0.07150.10590.4350.29180.15220.1288-0.03880.16970.01540.0774
精密化 TLSグループSelection details: chain b

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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