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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lno | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Domain of Unknown Function DUF59 from Bacillus anthracis | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta fold / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | Fe-S cluster assembly (FSCA) / MIP18 family-like / Iron-sulfur cluster assembly protein / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF59 domain-containing protein / FeS_assembly_P domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Domain of Unknown Function DUF59 Bacillus anthracis 著者: Kim, Y. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lno.cif.gz | 262.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lno.ent.gz | 225 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lno_validation.pdf.gz | 462.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lno_full_validation.pdf.gz | 467.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lno_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lno_validation.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/3lno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/3lno | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12127.860 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BAS4906, BA_5281, GBAA5281, GBAA_5281 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81XF6, UniProt: A0A6L8PPP9*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Acetate, 20% (v/v) 1,4-butanediol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97924 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.94 Å / Num. all: 42911 / Num. obs: 42911 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2084 / Rsym value: 0.484 / % possible all: 92.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→45.94 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.635 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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