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- PDB-3lnn: Crystal structure of ZneB from Cupriavidus metallidurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lnn
タイトルCrystal structure of ZneB from Cupriavidus metallidurans
要素Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
キーワードMETAL TRANSPORT / membrane fusion protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain ...conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold - #20 / conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold / Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane fusion protein (MFP-RND) heavy metal cation tricomponent efflux HmxB (CzcB-like)
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.796 Å
データ登録者Lee, J.K. / De Angelis, F. / Miercke, L.J. / Stroud, R.M. / Vandenbussche, G. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Metal-induced conformational changes in ZneB suggest an active role of membrane fusion proteins in efflux resistance systems.
著者: De Angelis, F. / Lee, J.K. / O'Connell, J.D. / Miercke, L.J. / Verschueren, K.H. / Srinivasan, V. / Bauvois, C. / Govaerts, C. / Robbins, R.A. / Ruysschaert, J.M. / Stroud, R.M. / Vandenbussche, G.
履歴
登録2010年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
B: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6573
ポリマ－77,5922
非ポリマー651
水28816
1
A: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8612
ポリマ－38,7961
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7961
ポリマ－38,7961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
B: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
ヘテロ分子

A: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
B: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,3156
ポリマ－155,1844
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area57460 Å2
手法PISA
4
A: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
B: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
ヘテロ分子

A: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
B: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
ヘテロ分子

A: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
B: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
ヘテロ分子

A: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
B: Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,62912
ポリマ－310,3688
非ポリマー2624
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area26470 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area107740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.111, 137.111, 202.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 Membrane fusion protein (MFP) heavy metal cation efflux ZneB (CzcB-like) / Secretion protein HlyD


分子量: 38795.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / 遺伝子: Rmet_5330, ZneB / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1LCD7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M Na-Acetate pH 5.4 1.9M Na-formate 3% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.110.9796
シンクロトロンESRF ID23-121.0762
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年6月28日Double crystal Si(111)
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年5月19日Single Si(111)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
21.07621
反射解像度: 2.796→32.959 Å / Num. all: 23803 / Num. obs: 20621 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 72.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 14 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique all: 2360 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.796→32.959 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 0.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3135 1058 5.13 %RANDOM
Rwork0.2374 ---
obs0.2413 20621 85.07 %-
all-23803 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.18 Å2 / ksol: 0.294 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.796→32.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4344 0 1 16 4361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7386140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.2631634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.123706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007828
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.7964-2.92360.48771040.353720740.4877207473
2.9236-3.07770.39471200.318822490.3947224980
3.0777-3.27030.40121500.276123640.4012236484
3.2703-3.52260.37311320.278424030.3731240385
3.5226-3.87660.37421250.26223460.3742234682
3.8766-4.43640.27221430.1926140.2722261491
4.4364-5.58490.23441450.168527140.2344271494
5.5849-32.96080.28121390.232727990.2812279992
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.45970.3714-1.87251.1086-1.8241.3484-0.0253-0.0795-0.4326-0.99080.46620.08290.05570.7886-0.02870.8271-0.03850.22360.6863-0.08650.796422.4275-9.942634.9247
20.26990.6430.07581.0799-0.5671.7107-0.1974-0.05050.7826-1.00540.16911.1298-1.40590.60660.02520.37340.19070.0340.6785-0.11210.7569
30.73461.1379-0.65921.1081-0.91581.78620.00340.4437-0.18240.02760.32910.25840.5027-0.1252-0.10650.51630.0244-0.03030.3651-0.04170.3226
43.3263-0.5103-0.50670.92091.36181.4892-1.0637-0.4962-0.08280.23310.4405-0.0395-0.1399-0.16760.27280.445-0.06350.03370.35680.28120.2148
50.8995-0.7820.53421.146-0.23781.45130.4892-0.8101-0.0113-0.1243-0.00060.170.1158-0.1076-0.24330.5947-0.0373-0.10310.5270.0280.6465
61.341-0.3109-0.83841.41660.65081.94750.41070.0417-0.1397-0.14970.1559-0.3145-0.06840.1272-0.24050.35290.048-0.04850.4669-0.18570.5891
70.0173-0.0415-0.05461.7386-2.88533.605-0.0260.5061-0.18930.27090.37720.2523-0.966-0.0386-0.20850.7622-0.04280.29730.4161-0.05950.6463
80.6736-0.0164-0.45450.95720.78860.50870.04030.67981.7283-0.08761.7111-0.53680.4224-0.6551-0.19471.08620.113-0.07510.5022-0.05911.0201
9-0.0085-0.1052-0.35271.10430.12830.65990.2434-0.0260.33730.40090.0842-0.34360.10930.13740.06880.7490.09590.21710.47440.09110.7503
101.9293-0.77481.14681.02180.62080.75560.3477-0.4623-0.57190.08570.29640.01790.3913-0.0866-0.39660.67620.05650.01920.5930.2380.5703
111.05770.6682-0.41991.25-0.31430.67390.66-0.4245-0.0705-0.07-0.3550.3498-0.090.3103-0.21290.6955-0.09330.00750.57920.0780.6163
120.8899-1.8001-0.28711.3704-0.49513.80970.2013-0.12940.02530.17420.1694-0.12290.48820.678-0.22480.582-0.0828-0.12090.627-0.01320.6151
精密化 TLSグループSelection details: chain B and resid 205:281)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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