ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show PHASER位相決定 Show 直接法位相決定 Show REFMAC5.5.0072精密化 Show PDB_EXTRACT3.005 データ抽出 Show HKL-2000データ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 2GS7解像度 : 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.912 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.894 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / SU B : 38.69 / SU ML : 0.371 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model : Isotropic / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R Free : 0.469 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.285 1612 10.1 % RANDOM Rwork 0.252 - - - obs 0.255 16018 89.14 % - all - 17805 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 57.55 Å2 / Biso mean : 30.947 Å2 / Biso min : 2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.97 Å2 0 Å2 1.19 Å2 2- - -1.87 Å2 0 Å2 3- - - 1.64 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.8→50 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4217 0 64 7 4288
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.006 0.022 4382 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.099 1.984 5960 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.684 5 529 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.083 23.559 177 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.009 15 744 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg11.599 15 25 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.068 0.2 674 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.021 3211 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.206 1.5 2663 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.384 2 4299 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it0.307 3 1719 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it0.572 4.5 1661
LS精密化 シェル 解像度 : 2.804→2.877 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.429 57 - Rwork 0.333 589 - all - 646 - obs - - 50.16 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.4193 0.4637 -0.0178 3.7402 -2.8374 7.4621 0.0288 0.0471 -0.1558 -0.2125 0.09 -0.2182 0.6191 0.1476 -0.1189 0.0829 0.0636 -0.0778 0.3513 0.009 0.2317 23.433 -35.581 45.425 2 6.0648 -1.0828 -0.1934 2.4923 0.2777 3.8879 -0.1148 -0.7709 0.0261 0.5745 0.1111 0.5227 -0.1631 -0.6445 0.0038 0.2793 0.1597 0.1124 0.6803 0.0882 0.2926 7.033 -30.684 64.046 3 4.0734 -0.2972 0.2445 2.8083 -1.8684 7.0335 -0.086 -0.3418 0.0949 0.2422 0.0665 -0.1892 -0.4729 0.4187 0.0195 0.1003 -0.062 -0.1264 0.3819 -0.0104 0.2519 23.346 -14.649 32.484 4 5.0163 0.0552 0.6856 3.9379 0.8108 5.9185 0.1451 0.3359 -0.323 -0.323 -0.2465 0.394 0.2448 -0.4727 0.1015 0.1122 -0.0377 -0.1399 0.4108 -0.0352 0.224 7.214 -19.826 14.276
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A680 - 774 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A775 - 959 3 X-RAY DIFFRACTION 3 B680 - 774 4 X-RAY DIFFRACTION 4 B775 - 959