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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lmf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nmul_A1745 protein from Nitrosospira multiformis, Northeast Structural Genomics Consortium Target NmR72 | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics / Unknown function / All alpha-helical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #360 / Uncharacterized cysteine-rich protein YhjQ-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Ferredoxin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nitrosospira multiformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target NmR72 著者: Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lmf.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lmf.ent.gz | 23.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lmf_validation.pdf.gz | 326.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lmf_full_validation.pdf.gz | 326.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3lmf_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lmf_validation.cif.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lmf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14090.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nitrosospira multiformis (バクテリア) 株: ATCC 25196 / 遺伝子: Nmul_A1745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q2Y879 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法, under oil / pH: 8 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: 0.1M Tris (pH 8), 12% PEG 20K, and 0.1M KH2PO4, Microbatch, under oil, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 11161 / Num. obs: 11150 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.6 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.69 Å / 冗長度: 23.2 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Num. unique all: 1137 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 79242.969 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.044 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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