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- PDB-3lm9: Crystal structure of fructokinase with ADP and Fructose bound in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lm9
タイトルCrystal structure of fructokinase with ADP and Fructose bound in the active site
要素fructokinase
キーワードTRANSFERASE / Fructokinase / ADP-binding / Fructose-binding / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Carbohydrate metabolism / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Polysaccharide degradation / reductively methylated
機能・相同性
機能・相同性情報


fructokinase / fructokinase activity / polysaccharide catabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / ROK family signature. / ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / beta-D-fructofuranose / Putative fructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Nocek, B. / Stein, A. / Cuff, M. / Volkart, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural studies of ROK fructokinase YdhR from Bacillus subtilis: insights into substrate binding and fructose specificity.
著者: Nocek, B. / Stein, A.J. / Jedrzejczak, R. / Cuff, M.E. / Li, H. / Volkart, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8465
ポリマ－33,0781
非ポリマー7694
水1,47782
1
A: fructokinase
ヘテロ分子

A: fructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,69310
ポリマ－66,1552
非ポリマー1,5388
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area6590 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.333, 112.333, 73.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 fructokinase / Glucomannan utilization protein E


分子量: 33077.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: gmuE, ydhR, BSU05860 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O05510, fructokinase
#2: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 85分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.4 M Ammonium sulfate 0.1 M TRIS 10mM L-Fructose 20mM ADP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. all: 20173 / Num. obs: 20173 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 989 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLEMAN2モデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLEMAN2位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EPQ

3epq
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.45→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 10.209 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19619 1024 5.1 %RANDOM
Rwork0.1573 ---
obs0.15926 19068 99.87 %-
all-20093 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å2-0.4 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2252 0 45 82 2379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.993193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96533809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2335293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.66924.63997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99915367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.254158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9191.51449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2041.5607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79422319
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9753900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7824.5874
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 76 -
Rwork0.204 1379 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71450.18551.07530.12890.00871.533-0.03430.0387-0.02280.00230.0438-0.07170.0060.0481-0.00940.1244-0.0148-0.01370.1399-0.0090.165357.3775-44.0624-22.969
20.42020.05020.64770.494-0.18031.35210.04530.05190.0138-0.07130.0627-0.04960.0878-0.0173-0.1080.1492-0.0174-0.00170.1437-0.00490.150250.4256-46.4073-28.7001
30.96580.0529-0.24091.2114-0.35830.33120.0787-0.08780.13860.0664-0.01350.0185-0.06730.0443-0.06510.1581-0.04070.02140.1549-0.02270.156333.7235-36.9624-21.7501
41.56380.9925-0.10311.4232-0.55020.64870.1031-0.18890.19480.1748-0.04490.1356-0.10140.0006-0.05810.1581-0.03390.04080.1701-0.06290.14828.2575-38.9016-11.5925
53.0648-0.2884-0.95161.1760.23380.3179-0.0241-0.1836-0.19150.1027-0.0184-0.11990.04190.02930.04260.1624-0.0517-0.03440.20310.00020.1143.093-51.0735-13.8831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3A118 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4A194 - 256
5X-RAY DIFFRACTION5A257 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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