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万見
- PDB-3lm8: Crystal Structure of Thiamine pyrophosphokinase from Bacillus sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lm8
タイトルCrystal Structure of Thiamine pyrophosphokinase from Bacillus subtilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target SR677
要素Thiamine pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine diphosphokinase / thiamine diphosphokinase activity / thiamine binding / thiamine metabolic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain superfamily / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily / Rossmann fold ...Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain superfamily / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase / Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, vitamin B1 binding domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain / Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-VIB / Thiamine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SR677
著者: Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine pyrophosphokinase
B: Thiamine pyrophosphokinase
C: Thiamine pyrophosphokinase
D: Thiamine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,03317
ポリマ－101,4704
非ポリマー1,56313
水1,20767
1
A: Thiamine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7765
ポリマ－25,3671
非ポリマー4094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiamine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8967
ポリマ－25,3671
非ポリマー5286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Thiamine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7283
ポリマ－25,3671
非ポリマー3602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Thiamine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6332
ポリマ－25,3671
非ポリマー2651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Thiamine pyrophosphokinase
C: Thiamine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5048
ポリマ－50,7352
非ポリマー7696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
B: Thiamine pyrophosphokinase
D: Thiamine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5289
ポリマ－50,7352
非ポリマー7947
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.943, 62.153, 84.161
Angle α, β, γ (deg.)82.89, 82.02, 87.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細authors state that the biological unit is a dimer of 49.65 kD at 99.5%

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要素

#1: タンパク質
Thiamine pyrophosphokinase / TPK / Thiamine diphosphokinase


分子量: 25367.439 Da / 分子数: 4 / 変異: A203V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU15800, thiN, yloS / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: O34664, thiamine diphosphokinase
#2: 化合物
ChemComp-VIB / 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / THIAMIN / VITAMIN B1 / 3-(2-メチル-4-アミノピリミジン-5-イルメチル)-4-メチル-5-(2-ヒドロキシエチル)チアゾ-ル-3-イウム


分子量: 265.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N4OS / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.1M KH2PO4, 0.1M Na-acetate, 12% PEG-20K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 57881 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: 3K94

3k94


解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2422 4 %5%
Rwork0.213 ---
obs0.213 49268 82.4 %-
溶媒の処理Bsol: 25.78 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 39.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.106 Å25.735 Å20.544 Å2
2--3.391 Å2-4.241 Å2
3----5.498 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6777 0 97 67 6941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2THI.PAR
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5TPP.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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