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- PDB-3llo: Crystal structure of the STAS domain of motor protein prestin (an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3llo
タイトルCrystal structure of the STAS domain of motor protein prestin (anion transporter SLC26A5)
要素Prestin
キーワードMOTOR PROTEIN / STAS domain / Cell shape / Glycoprotein / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate transport / lateral wall of outer hair cell / fructose transmembrane transport / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / response to salicylic acid / sulfate transmembrane transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / response to auditory stimulus ...oxalate transport / lateral wall of outer hair cell / fructose transmembrane transport / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / response to salicylic acid / sulfate transmembrane transport / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / response to auditory stimulus / response to potassium ion / monoatomic anion transmembrane transport / chloride:bicarbonate antiporter activity / response to salt / response to thyroid hormone / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride transmembrane transporter activity / chloride transport / positive regulation of cell motility / spectrin binding / cochlea development / cytoskeletal motor activity / positive regulation of cell size / lateral plasma membrane / chloride transmembrane transport / response to ischemia / regulation of membrane potential / sensory perception of sound / regulation of cell shape / monoatomic ion transmembrane transport / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
STAS domain / Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain ...STAS domain / Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Pasqualetto, E. / Aiello, R. / Bonetto, G. / Battistutta, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the cytosolic portion of the motor protein prestin and functional role of the STAS domain in SLC26/SulP anion transporters.
著者: Pasqualetto, E. / Aiello, R. / Gesiot, L. / Bonetto, G. / Bellanda, M. / Battistutta, R.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prestin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0592
ポリマ－15,7671
非ポリマー2921
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.590, 61.590, 67.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Prestin / Solute carrier family 26 member 5


分子量: 15766.707 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 505-563, 637-718 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc26a5, Pres / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EPH0
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 % / 解説: The Structure Factor File contains Friedel Pairs
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 4.5% (v/v) PEG 400, 0.1% (w/v) octyl-beta-D-glucopyranoside, 0.09 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月8日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 32.7 % / Av σ(I) over netI: 6.5 / 数: 660833 / Rsym value: 0.066 / D res high: 1.6 Å / D res low: 53.64 Å / Num. obs: 20184 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.0641.9399.710.0410.04129.1
3.585.0610010.0460.04632.2
2.923.5810010.0570.05732.6
2.532.9210010.0570.05733
2.262.5310010.0590.05933.1
2.072.2610010.0760.07633.1
1.912.0710010.1170.11733.1
1.791.9110010.1940.19433.1
1.691.7910010.3240.32433.1
1.61.6910010.5130.51332.4
反射解像度: 1.57→28.408 Å / Num. all: 20860 / Num. obs: 20860 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.57→1.65 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2931 / Rsym value: 0.496 / % possible all: 97.6

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MRRfactor: 28.82 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.41 Å
Translation2.5 Å28.41 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 20160
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.69-10029.60.663504
4.47-5.6928.90.895513
3.88-4.4730.20.901503
3.51-3.8830.20.891503
3.25-3.5127.10.917508
3.04-3.2528.60.914536
2.87-3.04310.906567
2.73-2.8731.20.896596
2.6-2.7332.20.899609
2.49-2.631.80.913650
2.39-2.4930.10.912677
2.31-2.3931.20.897709
2.23-2.31310.915712
2.16-2.2331.60.911756
2.1-2.1631.60.903780
2.04-2.1340.911782
1.98-2.0432.50.907805
1.93-1.9835.30.908836
1.89-1.93340.896857
1.84-1.8934.90.9869
1.8-1.8435.90.891896
1.77-1.834.80.896892
1.73-1.77350.897932
1.7-1.7335.50.885958
1.67-1.734.40.897944
1.64-1.6739.30.879984
1.6-1.6437.90.8511282

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
SHELX位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.57→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.677 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1062 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.156 20831 --
obs0.156 20831 99.143 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.27 Å2 / Biso mean: 25.149 Å2 / Biso min: 11.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.16 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1031 0 10 103 1144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0221082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1081.9661476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7615138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98925.650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.16715172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.635152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5511.5668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.90221089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7363414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.5564.5383
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.94931082
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 92 -
Rwork0.195 1387 -
all-1479 -
obs-1479 97.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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